黑死病是人类历史上最严重的瘟疫之一。起源于亚洲西南部，一说起源于黑海城市卡法，约在1340年代散布到整个欧洲，而“黑死病”之名是当时欧洲的称呼。这场瘟疫在全世界造成了大约7500万人死亡，根据估计，瘟疫爆发期间的中世纪欧洲约有占人口总数30%的人死于黑死病。
同样的疾病多次侵袭欧洲，直到1700年代为止，期间造成的死亡情形与严重程度各不相同。较晚的几次大流行包括1629年到1631年的意大利瘟疫、1665年到1666年的伦敦大瘟疫、1679年的维也纳大瘟疫、1720年到1722年的马赛大瘟疫，以及1771年的莫斯科瘟疫。关于这些疾病的异同仍有争议，但是其致命型态似乎于18世纪消失于欧洲。
黑死病对欧洲人口造成了严重影响，改变了欧洲的社会结构，动摇了当时支配欧洲的罗马天主教会的地位，并因此使得一些少数族群受到迫害，例如犹太人、穆斯林、外国人、乞丐以及痳疯病患。生存与否的不确定性，使得人们产生了“活在当下”的一种情绪，如同薄伽丘在《十日谈》（The Decameron）之中所描绘的一般。
14世纪发生于欧洲的事件，刚开始被当时的作家称作“Great Mortality”，瘟疫爆发之后，又有了“黑死病”之名。一般认为这个名称是取自其中一个显著的症状，称作“acral necrosis”，患者的皮肤会因为皮下出血而变黑。而黑色实际上也象征忧郁、哀伤与恐惧。
历史纪录对于黑死病的特征纪录中，有一些关于淋巴腺肿的描述，与19世纪发生于亚洲的淋巴腺鼠疫相似，这使得科学家与历史学家推测自12世纪开始的黑死病，与鼠疫相同，皆是由一种称为鼠疫杆菌（Yersinia pestis）的细菌所造成。这些细菌是寄生于跳蚤身上，并借由黑鼠（Rattus rattus）等动物来传播。不过由于其他疾病也有可能产生淋巴腺肿，因此也有人提出其他不同的观点。
成因
鼠疫理论
腺鼠疫（Bubonic plague）与败血性鼠疫（septicaemic plague）会经由与跳蚤的直接接触而传染，其中最主要的一类跳蚤，是鼠类身上的Xenopsylla cheopsis。许多细菌生活在这些跳蚤的身体中，阻塞跳蚤的胃部并使其变得饥饿。由于无法得到饱足，导致跳蚤不断地叮咬宿主。在叮咬与进食的期间，跳蚤胃里的细菌便经由血液流动到开放的伤口中，使得细菌散布到新的宿主身上。此外，被感染的老鼠最后会死于饥饿。
人类的肺炎性鼠疫（pneumonic plague）有不同的传染方式。这类鼠疫是经由血液或肺部受到感染者所咳出的唾液来散布，而这些部位的感染，可能是始于淋巴腺类型鼠疫。以空气为传播方式的细菌，可能被附近的人吸入，造成肺部与喉咙的直接感染，而不需经过淋巴腺。
鼠疫杆菌生活在泥土中，以皮外寄生（ectoparasites）的方式生存于啮齿类与人类身上。Michel Drancourt将这些细菌的生态整理出散布模型。对于草原土拨鼠所做的动物鼠疫（epizootic plague）观察显示，被细菌感染的动物尸体，可能比跳蚤更适合用来解释疾病的传染方式。
关于欧洲地区鼠疫的出现、散布与消失有一种假设：带有跳蚤并受到感染的啮齿类，能够将疾病传给不同物种。最早因贸易活动而经由黑鼠（Rattus rattus）自亚洲传入欧洲；但是到了欧洲之后，又经由褐鼠（Rattus norvegicus）进行更进一步的扩散。
棕色的老鼠似乎没有传染性的功能，也没有能力将跳蚤病传染至人类身上，而将其致死。老鼠的生态学中有很多错综复杂的事物，例如：老鼠的储液囊竟能和人类的互相影响。所以，说起间接性的传染，或者非跳蚤的传染病，储液囊就能分析出病毒的暴发与散播，而导致几个世纪的鼠疫。
生物探索推荐：
黑死病的病原体可能已经灭绝
翻案：黑死病的主要传播者不是老鼠
突变基因全力保护 揭秘欧洲黑死病幸存者真相
在欧洲黑死病推进了艾滋病毒免疫么？
（纪录片）改变欧洲的瘟疫：黑死病
遗传学分析鉴定出中世纪瘟疫病原菌
