生物燃料通常被认为是零二氧化碳排放的绿色燃料。不过，一项最新的研究认为，这并非事实。生物燃料的温室气体是在生物燃料的生产过程中产生的，而这通常并没有被标准的生物燃料排放评估考虑在内。
生物燃料由自然原料（如植物）制得
生物燃料能源阻止气候变化
生物燃料是由生物质制得，比如生物柴油由植物（例如棕榈油或甘蔗）制得。生物乙醇也是生物燃料，是通过对植物或其他自然材料进行发酵而生成，而不是通过化学成分合成的。
绿色生物燃料被认为对环境影响更小
生物燃料能源被认为是标准化石燃料的绿色替代品，因为它们是由可再生的自然原料生成。此外，生物燃料能源对环境的影响被认为更小，因为生物燃料产生的CO2有可能通过用来生产生物燃料的植物的吸收作用被被抵消，从而生物燃料被认为是零CO2排放的。
气候改变：生物燃料真的更好吗？
生物燃料被认为是有益环境的一种更好选择，不过近年来发表的报告和研究开始了对此观点的挑战。例如，2011年发表的一项报告显示在某些情况下生物燃料排放的温室气体比标准的化石燃料更高。
此外，用于生产生物燃料的植物的生长也被考虑进来。俄勒冈大学在2011年发表的一项研究证实，当一些森林地区用于生产生物质时，植物生长时释放出来的CO2比常规的森林生长释放的CO2量要高。
有时候森林被用于生成生物质
生物质生产及温室气体排放的专门研究
爱丁堡大学的研究者Timothy Searchinger教授和Keith Smith教授发表了有关生物燃料生产和使用过程中温室气体释放的详细描述。在这片文章中，作者对多年的工作进行了总结。在他们的研究中，生物质和生物燃料生产过程中的每一个步骤，以及这每一个步骤中释放的温室气体均在考虑之中。
温室气体和CO2：排放问题
作者指出的其中一个问题就是，当在计算与生物燃料有关的温室气体的排放时，一些关键的因素没有被正确的考虑在内或者甚至是没有计入计算中。例如，生物质生长对CO2排放的抵消计算就不正确。在大多数情况下，用于种植生物质的土地是可以用于其他作用的，例如种些其他的植物或其他用途的相同植物（如用作食物的农作物）。这样算起来，生物质对CO2的并没有进行额外吸收，因为这种吸收在其他情况下也会发生，即便是不产生生物质。并且，当生物质燃烧时，它还会产生CO2，导致温室气体的净增加，而不是抵消。
此外，平均来说，生物燃料的燃烧效率要比化石燃料的燃烧效率低。这就意味着，要产生同样多的能量，燃烧生物燃料产生的CO2要比燃烧化石燃料多。而这被环保人士在计算总温室气体释放时再一次忽略了。
气候变化：肥料对环境的影响
我们还需要考虑到生物燃料生产的另外一个特点——用于支持生物燃料生产的肥料可能释放的温室气体。大多数的肥料含有氮，它可以与氧气反应生成N2O，这种气体产生的温室效果是CO2的300倍。
在农作物生产中，实际上只有40%的肥料被植物吸收；而未利用的肥料则会产生N2O。这种温室气体在一些模拟的作物生长理论模型中已经计算了，但是，据研究，它们的实际影响要比在模型计算中高的多，也就是说肥料对温室气体释放的真正影响要比想象中高的多，并非是可以忽略不计的。
用于支持生物质产生的肥料也会释放温室气体
生物燃料VS化石燃料：一个复杂的话题
Timothy Searchinger教授和Keith Smith教授的这项研究再一次证实，温室气体减排和生物燃料生产是个十分复杂的话题；必须从各个角度进行考虑以形成完整的理解。只有正确认识生物燃料对环境的真正影响，才能制定有效的政策并付诸实施。
