有参转录组测序

2015-12-15 19:47 · satxam

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和。转录组测序能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程中的分子机理;目前已广泛应用于基础研究、临床诊断、药物研发和分子育种等领域。

有参转录组测序目标:

        1. 获得全面转录本信息;

        2. 检测稀有转录本和发现新的转录本;

        3. 精确识别可变剪切位点,以及不同转录本之间的单碱基差异。


    一、技术流程

    二、生物信息分析内容

        1. 测序质量分析与统计、评估;

        2. 参考基因组比对;

        3. 新转录本预测;

        4. 基因表达定量分析、基因表达水平分析;

        5. 差异基因表达分析、差异表达基因GO富集分析和Pathway富集分析;

        6. SNP和Indel分析;

        7. 可变剪切分析;

        8. DEU分析。


    三、结果展示

        1.数据库使用

        2.版图展示

        如图1.1所示,符合差异表达条件的基因在图上以蓝色圆点表示;

图1.1 火山图

    四、样本要求

        总量:〉4 µg RNA;浓度:〉50 ng/µL;260/280:〉2.0


    四、贯善生物拥有对本内容最终的解释权(贯善生物 冼华芬)