
2015年12月3日,国际热带农业研究中心(CIAT,哥伦比亚卡利;全球化农业研究与发展组织,拥有全球最大的木薯基因库)与北京诺禾致源生物信息科技有限公司(Novogene, 美国圣地亚哥,中国北京;全球领先的基因组学服务提供商,拥有中国最大的基因测序平台)建立战略合作伙伴关系,携手共建木薯(Manihot esculenta)和一种近缘野生型木薯(M. e. peruviana) 的泛基因组。作为非洲、拉丁美洲及加勒比海地区的主要食物来源,木薯具有极其重要的农业价值。本次合作旨在从泛基因组学这一角度揭示木薯复杂的进化历史及遗传多样性,从而提高木薯产量及改善其营养价值。
此次合作诺禾致源将对国际热带农业中心提供的六种来自不同生态地理区的木薯及近缘野生型进行测序和组装,并进行比较基因组学分析。泛基因组将包括木薯的核心基因组(core-genome)和非必须基因组(Dispensable genome)。其中,核心基因组指的是六大地区所有木薯中都存在的基因;非必须基因组指的是同时出现在两种或两种以上生态地区木薯的基因,也包括来自近缘野生型或某一地区木薯的特有基因。木薯参考基因组发表以后,科学家们进行了各种研究来解密木薯的遗传特性,以期提高其产量、营养价值及抗性。然而,以单一的近交系基因组作为参考基因组时,普通的重测序较难获得与性状相关的结构变异,如拷贝数变异及插入/缺失变异等,尤其是对遗传背景差异较大的株系及野生近缘种的研究。先进的测序技术及领先的组装算法为泛基因组图谱的构建奠定了基础,也是在种群层面研究详细的遗传多样性的重要条件。
CIAT木薯分子遗传学家路易斯·洛佩兹拉瓦勒博士提到:“这项研究是泛基因组学在构建和解析木薯驯化相关基因的重要价值体现”。CIAT农业多样性主任乔·托梅补充道:“不仅如此,泛基因组也提供了可用于作物改良的候选基因。诺禾致源具有高质量的测序数据产出、领先的生物信息分析技术及丰富的泛基因组研究经验,我们非常重视与诺禾致源的合作”。诺禾致源创始人兼首席执行官李瑞强博士表示:“作为泛基因组组装及分析方面的开拓者和国际领先者,诺禾致源已在国际知名科学杂志发表了泛基因组研究成果。我们希望运用先进的基因组学技术及丰富的经验来完成木薯的泛基因组,以期在全球范围显著地提高木薯的育种与栽培水平”。
关于木薯
木薯是继玉米、水稻之后世界第三大膳食能量来源。非洲、拉丁美洲及加勒比地区的五亿人口以木薯为食,数百万亚洲农民靠种植木薯维持生计。由于木薯可以在恶劣的条件下生长,它也是不受气候变化影响的重要作物。对于农民来说,木薯对干旱及贫瘠土壤的耐受性,大大降低了其栽种的要求和成本,不仅提供了可靠的食物来源,同时也提供了其作为食物、饲料、制药及工业产品带来的收入。
国际热带农业研究中心简介
国际热带农业研究中心是一家总部位于哥伦比亚卡利的非赢利性研究机构,致力于帮助发展中国家在保护自然资源的同时减少贫困与饥荒。CIP同时也是国际农业研究磋商组织(CGIAR)下设的众多中心之一。 CGIAR的研究致力于改善农村贫困生活,加强粮食安全保障,改善人类健康和营养,并确保自然资源的更可持续利用,最终为全球创造公共福利并让所有人共享。捐助者目前包括各个国家,各大基金会和国际实体等。该项合作得以实现要感谢来自德国联邦经济合作与发展组织的财政支持以及德国国际合作协会(GIZ)有限公司的大力支持。
国际热带农业研究中心官方网站:www.ciat.cgiar.org
北京诺禾致源生物信息科技有限公司简介
诺禾致源成立于2011年,总部位于中国北京,并在香港、美国以及英国设有海外业务中心。Novogene Corporation是诺禾致源的美国分部,总部位于加利福尼亚州圣地亚哥。诺禾致源拥有全球领先的生物信息分析团队,已建成中国通量最大的基因测序平台,致力于为全球合作伙伴提供优质的基因组学产品和服务。诺禾致源与世界各国的医疗保健、教育以及科学研究等领域的单位开展了广泛的合作,多项合作成果发表于 Science、Nature系列等国际顶尖学术期刊,获得行业的高度认可。作为中国第一家购买HiSeq X Ten测序平台的公司,诺禾致源是IGN(illumina Genome Network)在中国的唯一成员。
诺禾致源官方网站:https://www.novogene.com
