蛋白质印迹是根据大小分离蛋白质的技术。通常，分子量越小的蛋白质在凝胶中的迁移速率越快。但是迁移速率也受其他因素影响，因此观察到的实际条带大小与预期的可能会有差别。常见因素包括：
1 翻译后修饰 - 例如磷酸化、糖基化等，这些修饰会增加蛋白质的分子量。
2 翻译后剪切 - 例如，很多蛋白质首先合成为前体蛋白，然后剪切形成活性形式，例如半胱天冬酶前体
3 剪接变体 - 通过选择性剪接，可实现同一基因产生不同大小的蛋白质
4 相对电荷 -氨基酸的组成（带电荷的氨基酸与未带电荷的氨基酸各自所占的比例）
5 多聚体 - 例如，蛋白质二聚体。蛋白之间强烈的相互作用会造成条带偏大，但采用还原条件通常可以避免多聚体的形成。
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