问题1：假阴性（无扩增产物）
现象：正对照有条带，样品无条带
可能原因：
a）模板：含有Taq酶抑制剂、杂蛋白，模板上样量低或模板降解
b）引物：引物降解，引物设计不合理
c）试剂：酶失活，buffer不合适
d）反应条件：退火温度高，延伸时间短
解决方法：
a）纯化模板并重新提取，并检测模板是否含有抑制剂
b）重新设计引物并低温保存
c）优化buffer，摸索镁离子浓度或适当加入DMSO（小于0.3%）
d）提高退火温度，增加延伸时间（反应条件参照试剂盒说明书）
问题2：假阳性
现象：空白对照出现条带
可能原因：
a）引物设计不适，与目的序列具有同源性
b）试剂污染：水、移液枪等被核酸污染
c）样品间出现交叉污染
解决方法：
a）实验仪器高压灭菌
b）实验试剂（酶除外）高压灭菌，离心管枪头一次性使用
c）规范实验操作
d）假阳性可通过巢式PCR解决，或者使用特异性较高的试剂盒扩增
问题3：拖尾、弥散
现象：电泳出现拖尾、涂抹带
可能原因：
a）酶用量过多
b）模板纯度较低
c）dNTP、镁离子浓度过高
d）循环次数过多
解决方法：
a）减少用酶量或使用特异性高的热启动酶扩增
b）纯化模板
c）减少dNTP用量，摸索镁离子浓度
d）减少循环次数
问题4：二聚体及非特异性产物
一般小于100bp的条带可基本判断为引物二聚体
主要原因：
a）引物设计不合理，引物自身具有互补性
b）引物浓度不适
c）镁离子浓度过高，退火温度过低
解决方法：
a）重新设计引物并进行BLAST检测
b）降低镁离子浓度，提高退火温度
c）增加模板用量
