6月13日，Illumina公司宣布将原来的北京办事处升级为中国分公司，这除了表明Illumina对中国市场的重视外，也为Illumina的精彩上半年又添了一笔重彩。
Illumina位于圣地亚哥的总部
收购拉锯战
要回顾Illumina这精彩的上半年当然重头戏就是罗氏的霸气收购与Illumina的坚决反击。
1月25日，世界最大的抗癌药制造商罗氏控股发布公告称，将对Illumina Inc发起敌意收购要约，报价57亿美元现金。罗氏表示，收购Illumina可以加强罗氏在生命科学和诊断医学市场上的地位。但是Illumina并不不愿意参与关于交易的实质性谈判。预期说是一次霸气收购，不如说是罗氏的一次趁火打劫，由于Illumina的股票在罗氏发起收购前的一年中已经累计下跌了46%，罗氏此时发起收购不得不说是一次精明的打算。当然价格是次要的，主要表明了罗氏在临床基因组测序上布局。
美国HudsonAlpha研究院的研究员韩健评论这次收购表示“罗氏想趁Illumina股票下滑之际趁火打劫，拿个好价，消灭一个竞争对手。”并认为，罗氏旗下的454测序平台在市场上明显比不过Illumina。
尽管股票下跌，但是Illumina似乎也不是那么心甘情愿的就范，在罗氏发出敌意收购后立马推出了“毒丸计划”以阻止罗氏的收购。Illumina的行政长官杰伊弗拉特利表示，Illumina公司董事会采取这一行动以确保股东获得公平的待遇和保护任何建议或要约收购该公司。对此，罗氏公司表示：“尽管Illumina的举动并非完全出乎意料之外，但是罗氏公司对于Illumina董事会拒绝参加深入谈判的决定仍然感到失望。罗氏公司此次的全现金收购要约已经体现了对Illumina估值很高的溢价，并且深信Illumina的股东能够充分认识到这份收购要约的价值所在。”
除了表示自己的失望之情，罗氏并未闲着，其董事长Franz Humer施压道：“Illumina公司并不是唯一的基因测序公司，这一领域也存在其他卓越的企业。罗氏和Illumina均将受益于快速合并(rapid merger)。如果交易落空，我们将有其他选项。”
言下之意，你Illumina不接受我的收购，我们的选择多的很。这个世界并不是只有你一家在做测序，Life Technologies的Ion Torrent，Oxford Nanopore的迷你型测序仪MinION，专注人类全基因组测序的Complete Genomics……显然罗氏的这种威胁式的表态并不是信口开河。分析师认为，如果罗氏放弃报价，Illumina的股价会暴跌，这应该是Illumina股东最不想看到的事情。
在这中间还发生了不大不小的插曲。Illumina的一部分股东向公司的董事会提出了集体诉讼，指控董事会听信了咨询公司高盛的馊主意而采取“毒丸计划”，这些股东认为由于高盛基于自身的利益关系而给出了损害Illumina股东利益的建议。
3月底，在僵持不下的情况下，罗氏主动提高了收购价，从原来的57亿美元提高到了65亿美元。对此Illumina表示不会对这一报价采取任何行动，而是会进行评估后向股东提出建议。也许在这个时候，Illumina有些心动了？然而据外媒报道，在4月初Illumina还是拒绝了这一提价后的收购。
正所谓落花有意流水无情，在遭受到Illumina一连串无情的拒绝后，罗氏开始选择转身离去。罗氏公司表示Illumina公司一直不给其机会展开富有建设性的对话，而且，更高的报价不符合罗氏自己股东的利益。目前Illumina的股价接近40美元，相比年初的50多美元有所下跌。
产品发布
2012年1月，Illumina公司宣布推出了HiSeq® 2500，这款新一代的测序系统将让研究人员和临床医生能够在大约24小时内完成整个基因组的测序，即“一天一个基因组”。Illumina公司的总裁和首席执行官Jay Flatley表示：“一天内对整个基因组测序的能力，以及与HiSeq 2000同样高质量的数据，将为研究人员开发医学相关的全基因组应用带来新的机会。有了HiSeq 2500，在实现我们彻底改变人类医疗保健的愿景上，Illumina又迈出了重要的一步。”
2012年2月，Illumina发布了个人测序系统MiSeq，该款仪器使用了Illumina现有的TruSeq边合成边测序技术，售价较低，覆盖了之前未曾覆盖的低端市场。它是一台内置了簇生成和数据分析的测序仪，且有着革命性的便捷流程。从样品到数据，最快只要8小时即可完成。
MiSeq测序系统参数
一季度财报
4月2日，Illumina发布财报称，公司第一财季调整後每股盈余超过分析师的普遍预期，营收约2.73亿美元。比上年同期减少3%，按会计准则计算的净收益（GAAAP net income）为2600万美元，比上年同期增长8.3%，毛利率为66.4%，与上年同期基本持平。分析师的普遍预期为每股盈余0.31美元，营收2.58亿美元。第一季度的新增订单连续第三个月超过交付订单。一季度研发支出为4880万美元（上年同期为5020万美元），其中非现金股票补偿费用（non-cash stock compensation expense）为740万美元，扣除这部分费用，研发费用占收入的比例为14.9%。
专利诉讼
除了上文提到的Illumina部分股东向公司发起的集体诉讼外，Illumina在上半年还因为知识产权问题而应诉。
3月26日，哥伦比亚大学起诉Illumina，后者称其至少侵犯了该校在DNA测序研究方面的五项专利。这些专利在2009年就被授予给哥伦比亚大学。哥伦比亚大学的负责人表示“这些专利对于目前的基因组学研究和发现非常重要，尤其是在新兴的个体化医疗领域。”哥伦比亚大学要求法院为其所受到的损失进行判决并阻止Illumina的侵犯。
目前该案件没有更多的进展消息。
