我国建立了覆盖城乡的疾病预防控制体系，建成了全球规模最大的传染病疫情和突发公共卫生事件网络直报系统，结核病、艾滋病、血吸虫病等重大传染病得到有效控制。
我国是全球22个结核病高负担国家之一。三年前，重庆万州区的陈某田患上了耐多药肺结核。他四处求医，几乎花光了所有积蓄。2012年，重庆市出台政策，耐药结核病患者治疗费用医保报销90%，每年最高报销5万元。现在，陈某田每月的治疗费为1000多元，只需自付100元左右。据国家卫生计生委统计，2001至2012年，全国共发现并治疗近1000万例肺结核患者，避免了4000多万健康人感染结核菌。从2001年开始，我国全面推行现代结核病控制策略，结核病疫情上升势头得到有效遏制。2011年，我国将耐多药肺结核纳入新农合重大疾病保障试点病种，提高报销比例。世界卫生组织《2011年全球结核病控制报告》指出，中国通过开展全国结核病流行病学调查，使用人口动态登记系统和网络病例报告系统等方法评估疾病负担的趋势，为其他许多国家树立了榜样。
我国在艾滋病“四免一关怀”政策基础上，不断扩大宣传教育、监测检测、抗病毒治疗、预防母婴传播、综合干预覆盖面，加强血液安全管理、医疗保障、关怀救助、权益保护。截至2012年底，报告存活的感染者和病人总数为38.5万例，接受抗病毒治疗的人数达到了17.1万例，符合治疗标准的艾滋病毒感染者和病人的病死率由2003年的31%下降到2011年的9.3%。艾滋病母婴传播率由采取干预措施前的34.8%下降到2011年的7.4%，预防艾滋病母婴传播工作范围从单一预防艾滋病扩展为预防艾滋病、梅毒和乙肝等多病种，被联合国2012年全球艾滋病防治进展报告选为最佳实践。
我国血吸虫病疫情降至历史最低水平，流行范围明显压缩。2012年推算感染人数24万，较2004年下降60%。全国已有广东、上海、福建、广西和浙江5个省（区、市）消灭了血吸虫病。2007年，我国率先在全球83个丝虫病流行国家和地区中消除丝虫病；2012年经世界卫生组织证实，我国成功消除了新生儿破伤风。鼠疫、霍乱、炭疽和流行性出血热等传染病控制在低流行水平。疟疾发病人数显著下降，2012年报告病例较2004年下降94%，基本具备消除条件。
2002年，我国将新生儿乙肝疫苗纳入国家免疫规划。2007年，国家免疫规划疫苗种类由5种扩大到14种，预防的传染病由7种增至15种，实现了国家免疫规划跨越式发展。维持了无脊髓灰质炎状态。据估算，全国因此减少麻疹、百日咳、白喉、脊髓灰质炎、结核病、破伤风等6种疾病的发病共约3亿人次，减少相关死亡约400万人，乙肝病毒表面抗原携带者减少近2000万人。目前，我国多数疫苗可预防传染病的发病处于历史最低水平。
2004年，我国建立了传染病和突发公共卫生事件报告管理信息系统，实现了法定传染病疫情和突发公共卫生事件网络直报，疾病监测预警能力显著提高。目前，法定传染病共39种，其中甲类2种、乙类26种、丙类11种。全国100%的县级以上疾病预防控制机构、98%的县级以上医疗机构、94%的乡镇卫生院和社区卫生服务中心实现了法定传染病网络直报。全国设立了3500多个国家级监测点对霍乱、流感和艾滋病等29种传染病和4种媒介生物开展监测，同时完善了以综合医疗机构的发热门诊、肠道门诊为基础的传染病症状监测系统，能够及时了解疫情和进行早期预警。构建了流感/禽流感、麻疹、艾滋病和脊髓灰质炎等10多种专病参比检测实验室网络，提供了实验室检测能力。
