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DNA数据洪流问题-如何打破数据存储瓶颈

2011/12/07 来源:The scientist
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导读
在过去的几十年里,基因组测序技术发展突飞猛进。但基因学和其他相关的研究项目产生了大量了DNA、RNA和蛋白质组的数据,如何存储和分析这些数据变成棘手的问题。

在过去的几十年里,基因组测序技术发展突飞猛进。基因学和其他相关的研究项目产生了大量了DNA、RNA和蛋白质组的数据,如何存储和分析这些数据变成棘手的问题。

纽约时报上最近一篇文章突出报道了这个难题,列举了许多研究先锋在数据处理技术步伐跟不上测序的挫败感。加州大学圣克鲁斯分校的生物分子科学与工程中心主任David Haussler告诉说,现在数据处理是个障碍,分析基因组比基因组测序成本更高。

的确,虽然几年后人类全基因组测序的价格有望减低到期待已久的1000美元,但是存储和分析数据逐渐增加的费用会让成本变高。

数据洪流可能会导致本建设用来存储这些海量信息的联邦库的关闭。据泰晤士报报道,过去的一年里这样的一个数据库存储的数据量就翻了二倍,光300万亿个碱基就占满了700万亿字节存储能力的计算机。

太平洋西北国家实验室的生物学家Steven Wiley说,我们有这些大量成堆的数据,还没有办法将它们联系起来。在过去的一年半时间里,我们一直尝试分析这些数据。

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