不用写代码,三步搞定Hi-C多组学分析
生物探索 · 2018/12/21
相比其他数据库,WashU EpiGenome Browser在浏览表观遗传修饰数据中更加专业,界面友好,更易上手学习,配色方案也更优化,同时可加载ENCDOE、RoadMap和用户自定义文件,实现数据的快速浏览比对

Hi-C分析很难吗?生信小白不会写脚本能自己分析吗?当然可以的,今天小编分享了安诺基因Hi–C分析百宝箱里的大宝贝-数据库WashU Epigenome Browser,今天要推荐给大家,让你轻松搞定Hi–C多组学联合分析。这是小编用过最赞的浏览器,没有之一哦,省时省力还省钱!年底将至,如果你的数据还没分析完,快来试试小编今天要推荐的这个神奇的网站吧~

WashU EpiGenome Browser数据库由圣路易斯华盛顿大学医学院的王艇教授小组(http://wang.wustl.edu/)创建维护。相比其他数据库,WashU EpiGenome Browser在浏览表观遗传修饰数据中更加专业,界面友好,更易上手学习,配色方案也更优化,同时可加载ENCDOE、RoadMap和用户自定义文件,实现数据的快速浏览比对。分析结果可视化所追求的完美大概就是这样的吧~

数据库网址:http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/

先来一张结果展示图,是不是就是你梦里想遇见的那个Figure?

拿到Hi-C实验数据后,我们做生信分析时往往需要做一些联合展示,这样方便我们去观察染色质之间的相互作用、DNA甲基化及组蛋白修饰之间的关系。那么WashU EpiGenome Browser是如何实现Hi-C与多组学分析的联合展示呢?其实很简单,只需要输入相应的数据,就可以绘制出精美的联合展示图片。接下来大家就跟着小编的步骤试一试吧~

1.文件准备

要想使用WashU Epigenome Browser,第一步需要准备好数据。

1)Hi–C数据结果展示染色体间相互作用的连线图,我们所需数据如下:

上图每一列由tab键分割,第一列:Chr1,3544,3703,分别是染色体,染色体起始位点,染色体终止位点,全部由逗号分割。第二列为与第一列有相互作用的染色体区间。最后一列的数值为两个染色体区间有相互作用的强度。

2)甲基化与组蛋白修饰数据展示peaks富集,我们所需数据如下:

上图的每一列由Tab键分割,第一列为染色体,第二列为染色体区间起始位点,第三列为染色体区间终止位点,第四列为甲基化或者组蛋白修饰富集丰度。

(不要问我这些文件哪里来,安诺Hi-C测序服务的结果文件中都为各位小主备好了~)

2. 利用Hi-C数据来绘制染色体间相互作用的连线图

1)打开WashU的网站:http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/;

2)选择物种:在页面中选取需要分析的样本物种,目前WashU能够支持的物种有限,我们以拟南芥为例:先点击Plantae,然后点击Arabidopsis tari10;

3)上传Hi-C数据:点击Genome browser;

之后点击All apps,然后点击File upload;

然后在弹出的界面中点击Choose Files,选择要上传的数据(即第一步准备好的文件),点击setup;

对于染色体间相互作用的数据,要点击Pairwise,然后点击add as Track;

4)Hi-C数据效果展示:选其中一个Track,点击右键,然后点Arc(连线图);

可以选定感兴趣的区域,点击蓝色的bar,可以输Chr2,即可切换成二号染色体;


最终效果图为:

3. 利用ChIP-seq等多组学数据做柱状图

1)在添加完染色体相互作用的数据后,我们再进一步添加ChIP或甲基化在染色体富集程度的数据,我们以Polymerase II 为例,依然是上传文件,点击APPs—>File—>upload—>Choose Files—>setup,然后会弹出如下界面,之后点击bedGranph

2)然后就画出如下图所示的图,可以展示在染色体不同的位置,Polymerase II 在染色体上的富集分布图。

我们可依次上传不同的bedgraph或者pairwise的文件,最终画出文章开始展示的多组学联合展示的图,可任意的拖拽或隐藏任何一个pannel来达到展示目的。

怎么样,这波操作是不是简单的很,熟练应用这个网站把Hi-C数据可视化展示变得触手可得,文章中的图也不一定非得通过写代码的方式来获得,该网站做出的图可直接用于文章发表,并且配色精美丝毫不输一堆脚本堆起来的分析图,可以说为我们解决了常规物种的Hi-C多组学联合分析可视化的后顾之忧,分析零基础都毫无压力,小编不禁要给它点个大大的赞了,这么棒的网站大家快快用起来吧!

彩蛋:颜色不满意怎么办?右键可改~数据太多不好看?右键可过滤~万能的右键,要不要这么贴心~

好啦,就是这样一个神奇的网站,小编负责带你上路,怎么撒欢就看你们自己的啦~

关于我们  

Hi-C作为三维基因组领域一项重要的技术,实现了全基因组范围内染色体构象的捕获,多篇文章发在NCS等国际顶级期刊上,受到许多科研大拿的青睐。这么厉害的技术,赶快用起来吧!

安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务提供商,自2015年初在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务,随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平,同年12月在国内推出植物Hi-C测序服务。四年来,安诺Hi-C技术不断发展,众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商,安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作,相关研究成果发表在Nature、Nature Communications、Genome Biology、Molecular Plant 等国际高水平期刊,累计IF 97.19,平均IF 12.15。

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文章来源:安诺基因


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