挑战昆虫基因组学-蚊子
生物探索 · 2018/08/03
蚊子属于双翅目蚊科,世界上约有3000种。是一种具有刺吸式口器的纤小飞虫。通常雌蚊以血液作为食物,而雄蚊则吸食植物的汁液。吸血的雌蚊是登革热、疟疾、黄热病、丝虫病、日本脑炎等其他病原体的中间寄主。蚊子的分布极为广泛,除南极洲外各大洲皆


      蚊子属于双翅目蚊科,世界上约有3000种。是一种具有刺吸式口器的纤小飞虫。通常雌蚊以血液作为食物,而雄蚊则吸食植物的汁液。吸血的雌蚊是登革热、疟疾、黄热病、丝虫病、日本脑炎等其他病原体的中间寄主。蚊子的分布极为广泛,除南极洲外各大洲皆有蚊子的分布。其中,以按蚊属、伊蚊属和库蚊属最为著名。

     对于伊蚊,研究人员已经不是第一次进行基因组测序和denovo了。早在2007,埃及伊蚊就已经通过桑格法进行测序了,即LVP参考基因组;在2015年,通过Illumina测序平台进行测序,得到了参考基因组UCB。但是,由于伊蚊基因组非常复杂,重复元件比例很高,以前的伊蚊基因组并不能完整的反映全基因组的组分,尤其是在重复区域存在较多的缺失。因此,在最近的文献中,UCSF的研究人员采用最新的pacbio单分子测序技术,提升了测序reads的读长,得到迄今最完整的伊蚊基因组。

2,内源性病毒元件(EVEs)的注释。

      最后,在不同种的伊蚊--埃及伊蚊和白纹伊蚊的比较中,EVEs存在着明显的差异。

这表明伊蚊基因组上的EVEs在进化过程中可能受到了选择,而且与不同伊蚊的媒介能

力有重要的关系。


 PacBio SMRT测序技术已在复杂的昆虫基因组中广泛应用,解决昆虫基因组中难

题,相关文章陆续见刊。其中2018年发表了以埃及伊蚊为研究对象文章,如感兴趣可

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蚊子部分基因组研究统计

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