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科学家首次完成对亚洲前列腺癌患者的大规模基因组测序工作

2017/09/22 来源:科学网
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导读
近期,由上海长海医院、美国梅奥医学中心等机构组成的研究团队,首次完成了对亚洲前列腺癌患者的大规模基因组测序工作,其研究成果发表在《欧洲泌尿学》(European Urology)杂志。

本文转载自“科学网”。


近期,由上海长海医院、深圳华大生命科学研究院(原“深圳华大基因研究院”)、芬兰奥卢大学、美国梅奥医学中心等机构组成的研究团队,首次完成了对亚洲前列腺癌患者的大规模基因组测序工作,其研究成果发表在《欧洲泌尿学》(European Urology)杂志。

前列腺癌是世界范围内高发和主要的致死癌症之一。在中国,2015年约有60300个新增前列腺癌患者和26600个前列腺癌死亡患者,该数据从2000年起,就以每年12.6%的比率不断攀升。不同前列腺癌患者的预后差异较大,部分患者可存活10年之久,但侵袭性前列腺癌患者的存活期一般只有2~3年。

以往的一些研究已经确定了前列腺癌的基因图谱特征,鉴别出了许多潜在的癌症驱动基因(如SPOP, FOXA1, TP53, PTEN等)、受影响的细胞通路(如AR, RAS/RAF, PI3K, RB signaling等),以及最为频发的基因融合事件(TMPRSS2-ERG)。然而这些研究都是基于从西方人群中搜集的前列腺癌样本。考虑到东西方人前列腺癌上可能存在的差异,以及前列腺癌在中国乃至亚洲不断上升的发病率,对来自亚洲人的前列腺癌样本进行基因图谱测序分析具有重大意义。

在这项研究中,研究人员对210个前列腺癌病人的样本进行了基因组和转录组测序分析。通过与已发表的欧美人前列腺癌基因组进行对比,研究人员发现,在亚洲人群中,除了存在已知的显著突变基因SPOP、TP53和PTEN等外,还存在高频的CHD1基因缺失以及AR通路上游调控基因的突变;同时,研究发现,PCDH9在前列腺癌中起到抑癌基因的作用,其低表达被认为是一个潜在的预后标志物;此外,一些轴突引导通路相关的基因也存在着大量的突变,其中PLXNA1基因扩增突变和高表达与前列腺癌的复发和生存明显相关。

该项研究首次完成了亚洲人前列腺癌基因组图谱构建,揭示了东西方人前列腺癌基因组图谱的巨大差异,发现了与前列腺癌预后及生存相关的新基因,将为前列腺癌的治疗、诊断和预后检测提供新的基础。

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