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PNAS实验小鼠遗传差异花名册:36个最关键小鼠品系

2017/08/10 来源:生物通
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导读
多年来,实验室小鼠对我们帮助良多,解答了许多医学上的问题,但是越来越多的研究表明许多实验室小鼠存在差异,这种不同品系的遗传差异会大大的影响实验结果。来自比利时根特大学的研究人员近期公布了一个包含36个最受欢迎和最重要的实验室小鼠近交系的蛋白数据库,这将对于了解实验室小鼠差异,以及更好的设计实验具有重要意义。


本文转载自“生物通”

多年来,实验室小鼠对我们帮助良多,解答了许多医学上的问题,但是越来越多的研究表明许多实验室小鼠存在差异,这种不同品系的遗传差异会大大的影响实验结果。来自比利时根特大学的研究人员近期公布了一个包含36个最受欢迎和最重要的实验室小鼠近交系的蛋白数据库,这将对于了解实验室小鼠差异,以及更好的设计实验具有重要意义。

这一研究成果公布在8月7日的PNAS杂志上。

一个世纪之前,科学家们就通过近亲交配获得了实验室小鼠,这些小鼠的基因组都是纯合的,因此后代在遗传上与父母相同,这样研究人员就能了解他们引入到小鼠中出现的不同遗传变化造成的影响。而且实验室小鼠易于操控和繁殖,成本相对便宜,而且有强大的遗传模型、行为模式和基因组测序序列,因此被广泛应用于实验研究中。

C57BL/6小鼠,也被称为C57 black 6或者简称Black 6,有品系稳定和易于繁殖的优点,也是第一个测序的小鼠基因组,此后Sanger研究所的科学家对其他最常用的近交系小鼠的基因组也进行了测序。在最新这篇文章中,Claude Libert等利用这些数据库,将实验室小鼠C57BL/6J的编码序列与其它实验室小鼠品系进行了比对,从中确定了哪些蛋白可能存在缺陷。

研究人员在36个品系中分析了B6参考序列,以及插入,缺失和单核苷酸多态性(SNPs),通过计算突变,将DNA密码翻译成对应的氨基酸序列,预测预测每种基因的突变如何影响翻译所得的蛋白质。

德国亥姆霍兹感染研究中心Klaus Schughart(未参与该项研究)指出,这一数据库中的数据是公开的,但是并不都在一个地方。但处理来自多个位置的数据需要“相当多的专业知识。不过这样产生的资源能帮助研究人员更容易找到遗传变异和表型后果之间的重要联系。”

这一数据库也能帮助研究人员更多地了解已经用于研究疾病的小鼠,或者如果他们对特定基因感兴趣,他们可能会发现包含一个基因突变的小鼠近交系,从而利用这一品系来研究这一基因。数据库的另一个应用就是帮助可能调控特定表型的候选基因排序。

Libert实验室的博士生Timmermans说,数据库的局限性在于它不包含基因组非编码区域突变的信息。

Timmermans说:“我们正在研究非编码序列,但是我们并不确定这是否会成功,因为非编码序列很重要,它们在物种中要比编码序列更为保守。”

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