基因组分析显示:卵巢癌有7种疾病亚群
2017/04/26
通过基因组分析发现,卵巢癌可分为7个亚群。最新研究显示,识别卵巢癌组织类型,体细胞基因组中的点突变和结构变异是强大且具有判别性质的生物标志物。
一项新研究表明,基因组分析可为卵巢癌提供新的治疗信息。由BC癌症研究所和哥伦比亚大学引领的一项国际研究追踪了100多个卵巢癌的点突变和结构变异,经过分析,确定了7种肿瘤分子亚型。相关研究结果于4月25日在线发表在《Nature Genetics》杂志上。

本文作者写道,“我们的研究结果表明,识别卵巢癌组织类型,体细胞基因组中的点突变和结构变异是强大且具有判别性质的生物标志物。


在本次研究中,研究人员主要分析了133例卵巢癌。其中59例为高级别浆液性卵巢癌,35例为卵巢透明细胞癌,29例为子宫内膜癌,10例为成人型卵巢颗粒细胞瘤。研究人员对这些患者进行基因组测序,将肿瘤样本和正常样本进行匹配。

除了通过扩增子测序来验证潜在的结构变异,该研究团队还剖析了BRCA1/2胚系突变、BRCA1基因启动子甲基化状态以及肿瘤的微卫星不稳定模式。此外,他们还把临床可用数据纳入到分析中。

研究人员结合了点突变、拷贝数、微小插入和缺失、结构变异等20个基因组特征,最终将这些病例分成了7个亚群,其中至少一种亚群对卵巢癌的预后提供了线索,这种亚群是高级别浆液性卵巢癌的一种类型,标志性的特征为碱基折返倒置(foldback inversions)。

研究人员报道称,大约40%的高级别浆液性卵巢癌出现折返倒置,这往往与无进展生存期以及铂类化疗后总生存期较差有关,尤其是当肿瘤出现较高水平的碱基倒置时。其余的高级别浆液性卵巢肿瘤往往表现出同源重组缺陷的迹象,通常拥有更好的结果。

随后他们对来自国际癌症基因组协会和肿瘤基因图谱计划中的600例卵巢癌数据进行了分析,结果与上述研究相一致。他们还确定了卵巢透明细胞癌的亚群,标志特征为与年龄相关的突变。另外,他们还在子宫内膜瘤亚型中看到了微卫星不稳定性和相关的突变。

作者指出,总体而言,这项研究结果提供了一种新的卵巢癌疾病分型方式,确定了新的生物分子分型,给未来治疗提供了新的机会

参考资料:

Ovarian Cancer Genomic Analysis Reveals Seven Disease-Stratifying Clusters

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  • Genomic consequences of aberrant DNA repair mechanisms stratify ovarian cancer histotypes

    We studied the whole-genome point mutation and structural variation patterns of 133 tumors (59 high-grade serous (HGSC), 35 clear cell (CCOC), 29 endometrioid (ENOC), and 10 adult granulosa cell (GCT)) as a substrate for class discovery in ovarian cancer. Ab initio clustering of integrated point mutation and structural variation signatures identified seven subgroups both between and within histotypes. Prevalence of foldback inversions identified a prognostically significant HGSC group associated with inferior survival. This finding was recapitulated in two independent cohorts (n = 576 cases), transcending BRCA1 and BRCA2 mutation and gene expression features of HGSC. CCOC cancers grouped according to APOBEC deamination (26%) and age-related mutational signatures (40%). ENOCs were divided by cases with microsatellite instability (28%), with a distinct mismatch-repair mutation signature. Taken together, our work establishes the potency of the somatic genome, reflective of diverse DNA repair deficiencies, to stratify ovarian cancers into distinct biological strata within the major histotypes.

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