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中美倡议启动“地球生物基因组计划”

2017/03/01 来源:科技日报
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导读
加州大学戴维斯分校基因组学家哈瑞斯·莱文等人和华大基因生物学家张国捷等组成的科研团队联合倡议,全球科学家合作开启另一项与人类基因组计划(HGP)类似的项目——地球生物基因组计划(EBP),对地球上所有真核生物进行测序。


在美国斯密森尼生物多样性基因组学项目组与中国华大基因公司近日联合主办的生物基因组学会议(BioGenomics2017)闭幕论坛上,加州大学戴维斯分校基因组学家哈瑞斯·莱文等人和华大基因生物学家张国捷等组成的科研团队联合倡议,全球科学家合作开启另一项与人类基因组计划(HGP)类似的项目——地球生物基因组计划(EBP),对地球上所有真核生物进行测序。

据《科学》杂志官网报道,EBP计划大约两年前第一次提出,将着重对包括所有植物、动物和单细胞生物在内的真核生物群体进行测序。倡议团队估计,得益于测序技术的进步和成本下降,可能只需10年时间以及与HGP相当的费用(约27亿美元),就能完成对全部真核生物的测序。

现有EBP框架大约分三步完成:第一步,为9000个真核生物科中的每科选出一个代表进行DNA测序,获得的参考基因组要与人类基因组相当或更好;第二步,对15万到20万个真核生物属中每个属选取一个物种测序,详细程度不需达到第一步的标准;第三步,对150万个真核生物物种进行粗略性测序。

项目倡议人员表示,EBP已经取得良好开端,好几个测序项目已经启动,包括为1万种脊椎动物进行基因组测序的基因组10K项目、破译5000种节肢动物基因组的i5K项目、为1万多种禽类物种测序基因组的B10K项目等。“我们就是要把EBP打造成‘战斗机中的战斗机’。”莱文说。

在会议上,中国华大基因和英国韦尔科姆基金会桑格研究所等基因组学领头企业,表明了积极参与的立场,但EBP项目目前仍面临重大挑战:一是因生物多样性问题,只有更多发展中国家参与并开展更加国际化的合作,该项目才能最终成型;二是制定高质量测序和保存有机体样本的标准,其中因现有博物馆动植物样品的保存方式不符合要求,或需要大量的野外采集样品,这可能耗费很大成本。(记者 聂翠蓉)

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