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Cell:中科院王艳丽课题组解析Ⅵ型CRISPR-Cas系统C2c2-RNA复合物结构

2017/01/15 来源:中国科学院生物物理研究所
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导读
2017年1月12日,Cell 杂志发表了中科院生物物理研究所王艳丽课题组关于Ⅵ型CRISPR-Cas系统的效应蛋白C2c2的结构研究。


2017年1月12日,Cell 杂志发表了中科院生物物理研究所王艳丽课题组关于Ⅵ型CRISPR-Cas系统的效应蛋白C2c2的结构研究。标题为“Two Distant Catalytic Sites Are Responsible for C2c2 RNase Activities”。该研究解析了Leptotrichia shahii(Lsh)细菌中C2c2与crRNA (CRISPR-RNA) 的二元复合物以及C2c2在自由状态下的晶体结构,揭示了LshC2c2通过两个独立的活性结构域来发挥其两种不同的RNA酶切活性,这为研究C2c2发挥RNA酶活性的分子机制提供了重要的结构生物学基础。

CRISPR/Cas系统是古菌和细菌的抵抗病毒和质粒侵染的重要免疫防御系统。CRISPR-Cas系统划分为两大类,第一大类CRISPR-Cas系统由多亚基组成的效应复合物发挥功能;第二大类是由单个效应蛋白(如Cas9, Cpf1, C2c1等)来发挥功能。其中,Cas9, Cpf1, C2c1均具有RNA介导的DNA核酸内切酶活性。目前,Cas9和Cpf1蛋白作为基因组编辑工具被广泛应用,克服了传统基因编辑技术步骤繁琐、耗时长、效率低等缺点,以其较少的成分、便捷的操作以及较高的效率满足了大多数领域的基因编辑需求,并有着潜在且巨大的临床应用价值。

2015年,一种全新的第二类CRISPR-Cas系统-Ⅵ型系统被发现,该系统中的效应蛋白被命名为C2c2。而后的研究进一步发现,Ⅵ型CRISPR-Cas系统是一种新型靶向RNA的CRISPR系统,而C2c2是一种以RNA为导向靶向和降解RNA的核酸内切酶,有望被开发作为RNA研究的工具,扩展CRISPR系统在基因编辑方面的运用。

王艳丽课题组通过深入的研究,解析了C2c2与crRNA的二元复合物的晶体结构以及C2c2蛋白的晶体结构,揭示了C2c2包含一个crRNA识别的叶片即REC叶片,和一个核酸酶叶片即NUC叶片。REC叶片包含NTD结构域(N-terminal domain)和Helical-1结构域,NUC叶片包含了两个HEPN结构域、Helical-2结构域以及连接两个HEPN结构域的连接结构域。负责切割前体crRNA和靶标 RNA的活性口袋分别位于Helical-1和HEPN结构域上。crRNA的结合会引起C2c2蛋白的构象变化,这种变化很可能会稳定crRNA的结合,进而对识别靶标RNA起着重要作用。该研究通过结构和生化研究揭示了C2c2剪切pre-crRNA以及切割靶标 RNA的分子机制,对认识细菌抵抗RNA病毒入侵的分子基础具有十分重要的意义。同时也为改造CRISPR-C2c2系统,为其在基因编辑领域的运用提供了强有力的结构基础,有助于加速对病毒感染引发的疾病的理解、治疗和预防。

中国科学院生物物理所王艳丽研究员为本文的通讯作者。王艳丽课题组的刘亮(博士后)为本文的第一作者,该研究得到科技部、国家自然科学基金以及中国科学院战略性先导科技专项(B类)的资助,上海同步辐射光源(SSRF)以及日本同步辐射光源SPring-8为该研究提供了重要的技术支持。


图注:LshC2c2-crRNA的二元复合物的晶体结构。

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