DNA建库试剂盒大比拼:TruSeq Or Nextera?
安诺基因 · 2016/11/30
高通量测序技术中一个重要环节就是文库构建,随着技术的不断完善,建库方法正朝着低成本、高通量和低起始量的方向发展。在文库构建过程中,试剂盒的选择是非常重要的,要根据不同的样本情况,选择合适的建库试剂盒。今天小编将为大家比较Illumina 的两种常用DNA建库试剂盒—TruSeq和Nextera,看一下这两种建库方法有何异同,为后期小伙伴们建库选择试剂盒提供参考。以下内容全是干货,拿走不谢~

高通量测序技术中一个重要环节就是文库构建,随着技术的不断完善,建库方法正朝着低成本、高通量和低起始量的方向发展。在文库构建过程中,试剂盒的选择是非常重要的,要根据不同的样本情况,选择合适的建库试剂盒。今天小编将为大家比较Illumina 的两种常用DNA建库试剂盒—TruSeq和Nextera,看一下这两种建库方法有何异同,为后期小伙伴们建库选择试剂盒提供参考。以下内容全是干货,拿走不谢~

1. Illumina TruSeq DNA建库方法

TruSeq DNA建库方法采用超声波方法对DNA进行随机打断,然后加接头,片段筛选和PCR扩增。TruSeq DNA建库方法比较常用,对DNA的质量要求较低,自动化程度高,基因组覆盖度高,适合普通基因组的文库构建,缺点是操作步骤较多,耗时较长。图1为TruSeq DNA建库流程图,建库流程如下:

(1)DNA超声打断;

(2)末端修复;

(3)末端加“A”;

(4)接头连接;

(5)片段筛选;

(6)PCR富集目的片段。

图1 TruSeq DNA建库流程图

2. Illumina Nextera DNA建库方法

Nextera DNA建库方法运用高活性的转座酶,完成DNA的片段化和加接头,具有快速、操作简单和低建库起始量的优点,缺点是插入序列具有偏好性,对DNA的纯度和DNA浓度准确性要求较高。

Nextera建库方法采用转座酶随机插入并将基因组DNA打断成长度大小为300bp左右的片段,同时将测序所需的adaptor直接在插入打断的同时连接到片段的两端,缩短了建库时间、减少了样品的需求量,因此特别适合样品量有限的应用,如肿瘤活检、降解的DNA或纯化的DNA。图2为Nextera DNA建库流程图,建库流程如下:

(1)转座酶片段打断,连接接头;

(2)清洗文库DNA片段(去除转座酶);

(3)5个循环PCR加P5、P7接头和index;

(4)片段筛选;


图2 Nextera DNA建库流程图

划重点

看了上面的内容是不是有点红红火火恍恍惚惚的感觉,没关系,小编为大家划重点啦~TruSeq DNA建库方法对DNA的质量要求较低,成本低,基因组覆盖度高,自动化程度高,适合普通基因组建库;Nextera建库方法操作简单,耗时短,建库起始量低,适合样品量有限的样品建库。有了小编的分享,再也不用为试剂盒的选择发愁啦~有问题的小伙伴们可以给小编留言哦~

参考文献:

[1]Adey A, Morrison H G, Xun X, et al. Rapid, low-input, low-bias construction of shotgun fragment libraries by high-density in vitro transposition[J]. Genome biology, 2010, 11(12): 1.

[2]Lamble S, Batty E, Attar M, et al. Improved workflows for high throughput library preparation using the transposome-based nextera system[J]. BMC biotechnology, 2013, 13(1): 1.

建库相关信息请查询安诺基因官网:www.genome.cn。

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