SNP基因序列的检索(以检索NAT2 的不同SNP的基因序列为例)
易生物实验 · 2010/03/15
以检索NAT2 的不同SNP的基因序列为例: 1、Genbank里的dbSNP数据库中有详细的信息,方法如下: (1)进入NCBI的主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,然后,Search下拉菜单中选“ SNP”,搜索for “NAT2”。 (2)

以检索NAT2 的不同SNP的基因序列为例:

1、Genbank里的dbSNP数据库中有详细的信息,方法如下:

(1)进入NCBI的主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,然后,Search下拉菜单中选“ SNP”,搜索for “NAT2”。

(2)搜索了一下,人类的NAT2SNP数据库记录有279条,如下图所示,每一条你都可以点进去看它的具体情况。

(3)以 rs36014863为例,你点进去后,出现下图的页面,里面示SNP数据库中关于这个SNP的全部信息,从里面,你大致可以获取SNP的位置,其上下游的核苷酸侧翼序列信息,多群体报道的情况,SNP提交情况,不同群体的杂合度报道参考信息……

(4)或者你直接进入NCBI的主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/,直接搜索NAT2,出现下图中的界面,选择SNP,然后有相关SNP记录476条,点击进入后,选择HUMAN 279条,然后再逐个观察。

2、但是,从整个基因组的SNP分布和NAT2基因的位置关系上直观的工具,Genbank并不是很理想的,推荐配合Genewindow结合使用,Genewindow是很好的动态平台,十分直观,可以清晰的显示SNP的分布情况和基因内含子、外显子、调控区的关系,可以用于整体选择时使用,个人使用后感觉效果非常满意。

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