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NEJM:新算法可降低NIPT的假阳性

2016/07/15 来源:生物通/薄荷
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导读
在7日发表于《新英格兰医学杂志》的一篇通讯文章中,Illumina和Tufts医学中心的研究人员提出证据表明,在无创产前检测(NIPT)中,新的分析方法可更好地筛选出与母体拷贝数变异相关的假阳性结果。


在7日发表于《新英格兰医学杂志》的一篇通讯文章中,Illumina和Tufts医学中心的研究人员提出证据表明,在无创产前检测(NIPT)中,新的分析方法可更好地筛选出与母体拷贝数变异相关的假阳性结果。

在这项Illumina资助的工作中,研究小组重新分析了非整倍体风险评估(CARE)研究中1914名孕妇的序列数据,这项研究重点关注胎儿非整倍体风险升高的女性。

利用Illumina临床实验室采用的一种分析算法,研究人员发现他们能够重新分类11个假阳性病例中的6个。这种算法近期经过更新,增加了均一化的步骤,可更好地过滤掉亚染色体的拷贝数变异。

2015年,华盛顿大学和Fred Hutchinson癌症研究中心的研究人员在《新英格兰医学杂志》上发表文章称,母亲基因组上的拷贝数变异可能影响NIPT的解释,进而导致假阳性的结果。

在Illumina- Tufts的重新分析中,3个被纠正的病例与母体CNV的假阳性检测有关,而另外3个得益于增加的均一化步骤。还有5个病例没有被重新分类,似乎源于常染色体拷贝数增加和/或胎儿嵌合体。

总的来说,研究人员更新后的分析算法将21三体的阳性预测值从46%提高到63%,将18三体从40%提高到67%。同时,对于13三体,阳性预测值也从24%激增至50%。

“CARE数据的重新分析表明,原先的假阳性结果既有技术上的原因,也有生物学方面的原因,包括胎盘嵌合体和母体拷贝数变异,”研究人员在文中写道。

除了在努力控制NIPT技术的假阳性,人们也一直在争论,是否能够利用母体循环中的胎儿DNA来检测CNV及其他染色体异常。

在去年底发表于《美国人类遗传学期刊》上的一篇文章中,英国的一个研究小组报告,NIPT在检测染色体亚微结构异常上的临床作用有限。他们开发出的检测程序无法可靠地检测微缺失和微扩增。尽管增加测序深度能改善检测,但同时也会增加假阳性率。

而就在上周,瑞士的研究人员则提出证据支持NIPT的扩展。他们认为,这项技术不仅能检测CNV及其他染色体异常,还能检测比21三体、18三体和13三体更罕见的其他常染色体三体。

在近6400个单胎妊娠的数据中,研究小组发现了30多个可疑的CNV、50个罕见的常染色体三体、53个性染色体异常,以及119个常见的三体。即便如此,文章作者仍然呼吁将重点放在与疾病相关的CNV上,因为大多数CNV的表型影响还不清楚。

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