SNaPshot法SNP分型流程
2017/06/20
SNaPshot该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得,通常用于10-30个SNP位点分析。

★ 试验原理

       该技术由美国应用生物公司(ABI)开发,是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序,主要针对中等通量的SNP分型项目。在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧临多态位点5’-端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪检测后,根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点,根据峰的颜色可得知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型。对于PCR产物模板可通过多重PCR反应体系来获得,通常用于10-30个SNP位点分析。

★ 试验流程

     ● DNA 提取和质检;

     ● 引物设计与合成;

     ● 扩增反应;

     ● 延伸反应;

     ● 测序仪检测;

     ● 数据分析。

★ 优点

    1、通量高,一次反应可扩增最多10-15个位点;

    2、数据完整性高,相对于MassArray高通量分析的时候经常发生个别样本失败或者个别位点丢失的情况,MassArra方法丢失的数据进行补充造价很高,一般不会补,而该方法可以以较低成本补充实验;

    3、适应性强,实验结果可靠,该方法是ABI公司在10多年前开发成功的,历经了很多验证,发表了大量文章。

★ 送样要求

    1、组织样本:-20℃或-80℃低温冰箱中保存,液氮或者干冰运输;市内或短途运输可冰袋运输。若提供的材料为新鲜组织、血液细胞等生物材料,请提供足够提取2ug以上基因DNA的材料量。

    2、DNA样本:体积≥50ul,浓度≥50ng/ul,DNA总量≥2ug,纯度 OD260/280 在1.7~1.9之间,不含PCR抑制剂,须注明准确浓度。样品须低温冰袋运输。

    3、血液样本:要求保存于抗凝管中或冻存管中,体积大于2ml,请用干冰运送,保证DNA不降解。

    4、样品为石蜡包埋组织切片的,要求提供10张组织切片光片(面积>10mm×10mm,厚度约5-10um)。

 

 


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