微生物多样性分析(DGGE技术)
2016/06/14
DGGE是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化,从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。具体而言,就是将特定的双链DNA片段在含有从低到高的线性变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶中电泳,随着电泳的进行,DNA片段向高浓度变性剂方向迁移,当它到达其变性要求的最低浓度变性剂处,双链DNA形成部分解链状态,这就导致其迁移速率变慢,由于这种变性具有序列特异性,因此DGGE能将同样大小的DNA片段很理想地分开,它是一种很有用分子标记方法。

DGGE是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化,从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。具体而言,就是将特定的双链DNA片段在含有从低到高的线性变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶中电泳,随着电泳的进行,DNA片段向高浓度变性剂方向迁移,当它到达其变性要求的最低浓度变性剂处,双链DNA形成部分解链状态,这就导致其迁移速率变慢,由于这种变性具有序列特异性,因此DGGE能将同样大小的DNA片段很理想地分开,它是一种很有用分子标记方法。现已广泛应用于生物多样性调查、亲缘关系鉴定、基因突变检测等多个领域。

1)PCR-DGGE实验路线

前期确认阶段:试验样本类型,数量,引物,签订试验合作合同;

试验阶段:DNA提取,PCR扩增,变性梯度凝胶电泳,确认回收克隆条带;目的片段的克隆测序;(30个工作日)

数据分析:和客户详细沟通,确认分析方案:胶图分析(样本间或组间的聚类分析,PCA分析,灰度值分析,多样性指数分析);序列分析(序列比对分析,结合图谱分析样本里边的优势种群分布情况,并进行系统发育树分析);

目前已经进行的样本类型:土壤样本(森林,农田,池塘淤泥等);肠道样本(鸡,鸭,鱼,鼠等);粪便样本(昆虫,鼠,鸡,鱼,鸭,婴儿等);污水处理材料(生物膜,高分子材料);食品(如腊肉,火腿,鸡肉,茶叶等)沼池,不同处理前后水样,空气,酒曲等。

已经进行的菌群类型:常用细菌,真菌,古菌,产甲烷菌,产甲烷氧化菌,固氮菌,硝化细菌,反硝化细菌,氨氧化古菌等。

2)客户须知:

本公司需要签订技术服务合作合同;

本公司再试验结束后,如没要求,试验样本将统一销毁;

本公司不接受具有致病性和潜在危险的原始样本,此类样本请您提供样本DNA。

3)报价说明:

4)常用引物信息:

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