目前，两项刚刚发表在Science上的文章报道了在大规模人群中开展的研究：对于肠道菌来说之前被认为是至关重要的因素，如自然产还是剖宫产，母乳喂养或体重指数并不像想象的那么重要。相反药物（包括胃灼热药物、抗生素、他汀类药物）、呼吸效率、粪便的状况以及年龄与肠道菌群的结构有很好的相关性。甚至和巧克力的消耗量都有关。

这两个研究独特之处是关注了正常人群，而之前的研究集中在患某种疾病的患者。而且研究覆盖了大规模的人群从细节上研究他们的肠道菌群。通常研究者只调查DNA的特定区域将细菌的种属区别出来就可以了，而这个研究拼接了所有DNA来获得有关细菌种属的详细信息。

这两个研究中的一个是在比利时调查了1106例人，另一个是在荷兰调查了1135例人，从这些献血的人中收集粪便样本，让他们填写了健康和生活方式问卷，并接受了医生的检查。与其它类似的研究数据比较，这两个在欧洲的调查分析显示95%的人共同拥有14个微生物菌属，这建议了由人类核心微生物菌群存在。总之，这两个研究捕获了栖息在人体中的超过600个菌属。这些努力的一个目标是看看是不是有一个因素能够良好地反映整体菌群的健康。

两个团队分别获得的结果

比利时的团队对和肠道菌构成有关的一系列因素包括饮食、用药、血红细胞计数和粪便的状况进行研究分析，发现和微生物多样性之间存在最大的相关性的是粪便的状况。而用药状况能够解释最大的总方差和与菌群相关的其它变量的相互作用。早期的生活方式比如出生模式并不影响成年人的菌群组成。

而荷兰的研究团队的结果显示了肠道菌群和126种外源和内在的宿主因素之间的关系，其中包括31个内在因素、12个疾病的、19个药物的、4个吸烟类别和60和饮食因素。比如饮食因素中，经常吃酸奶的人肠道菌群多样性要丰富得多，咖啡和酒也可以提高多样性；然而全脂乳和高卡路里饮食会降低多样性。他们追踪到一种嗜铬蛋白chromogranin A，其信号诱导激活神经和内分泌系统。低浓度的蛋白与更多样化的功能微生物相关。

但是这两个团队发现的所有和微生物多样性相关的所有因子的影响小于20%，这提示了对于我们和我们的菌群之间的关系，人们还有很多要学习的。