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ORFeome:基因组规模的人类ORF资源

2016/03/01 来源:生物探索
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导读
在2月25日发表在Nature Method上的文章,报导了由13个学术、商业和政府组织进行的ORFeome合作(OC)宣布现在现在他们收集的ORF克隆共计17,154个占人类细胞所有蛋白编码基因的80%。它是世界上最大的人类基因集合并公开提供给全世界的研究团队。


一个国际合作组织,包括Dana-Farber癌症研究所,已经在创造人类细胞中不同蛋白质的成千上万的完整基因图谱库的工作上达到了一个里程碑。开放阅读框ORF(编码蛋白全长的基因)的集合,是科学家研究人类细胞基础机制和疾病中的过程的重要资源。

在2月25日发表在Nature Method上的文章,报导了由13个学术、商业和政府组织进行的ORFeome合作(OC)宣布现在现在他们收集的ORF克隆共计17,154个占人类细胞所有蛋白编码基因的80%。它是世界上最大的人类基因集合并公开提供给全世界的研究团队。

“OC ORF集合可以在广泛研究领域中被充分利用。”文章的资深作者David E. Hill博士,Dana-Farber癌症系统生物学中心的副主任说,“为了全面探索的细胞生理学,科学家需要一种资源,使他们能够变得几乎任何目标蛋白。OC就是能为这种工作提供独特和有价值的工具。

从这个合作开始的2005年成千上万的科学家在自己的研究中运用OC提供的ORF克隆。应用包括蛋白质相互作用的大规模图谱绘制,重组人源蛋白的生产,特殊蛋白的功能筛选,疾病特异性蛋白相互作用网络的开发,敲除细胞关键蛋白的效应的研究以及其它用途。

这些克隆可以从OC在世界各地的分支机构以最低的价格获得。OC也不限制它们的使用。关于合作和克隆预定可以从OC的网站http://www.orfeomecollaboration.org/.获得。

文章的第一作者,德国癌症研究中心的Stefan Wiemann说:“这个网站有一个可检索的数据库。在这里我们提供克隆和编码蛋白的注解来提高业界的利用率。”

每个ORF包含特定基因的蛋白编码区。每个ORF克隆克隆到质粒里、转入细菌冻存在OC的多个分支机构。这些克隆提供Gateway载体形式,这种形式允许很容易地转化到各种表达蛋白的受体,比如大肠杆菌、酵母和哺乳动物细胞,甚至是无细胞表达体系。

OC的发展已经超出了21世纪初时人类ORFeome合作会议的讨论范畴。Hill博士说:“来自各个机构的参与者开始讨论他们在产生和验证ORF的领域里做了什么。我们开始考虑我们怎样合作尽最大可能来收集。”

Hill继续介绍:“OC不同成员在合作中扮演不同角色。一些团队已经加入新的克隆的收集,一些做DNA测序,或者集中在ORF的质量控制。有一些做信息工作,而其他人主要是参与分配。达到目前的里程碑是不同人和组织的共同努力。每个人都参与了重要的贡献,这是个非常愉快和富有成效的合作。”

现在这个阶段代表的是新的开始,OC的成员继续共同努力,扩大人类ORFeome的同时也添加其他模式生物的ORFeome。

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