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GEN:解析单细胞分析与RNA-Seq发文交集,挖掘个性化医疗新力量

2015/10/09 来源:生物探索
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导读
日前,GEN Market & Tech Analysis报告重点解析了单细胞分析(SCA)以及RNA-Seq的发文情况,挖掘RNA-Seq和SCA发展轨迹及其对个性化医疗潜在的影响。


日前,GEN Market & Tech Analysis报告重点解析了单细胞分析(SCA)以及RNA-Seq的发文情况,挖掘RNA-Seq和SCA发展轨迹及其对个性化医疗潜在的影响。

技术简介及研究方法

RNA-Seq是下一代测序的子领域,研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。基于高通量测序平台的RNA-Seq技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。

目前越来越的人对该技术感兴趣,因为借助RNA-Seq技术可在不同生理或病理情况下进入细胞RNA室。同时越来越多的人对来自细胞外囊泡的RNA生物标志物以及可作为液态活检标志物的循环RNA分子感兴趣。

单细胞分析(SCA)是分析化学、生物学和医学之间渗透发展形成的跨学科前沿领域,方法包括毛细管电泳;微流控芯片;多种光学显微镜、扫描电化学显微镜、质谱成像、原子力显微镜、扫描隧道显微镜图像分析;肿瘤电化学及免疫分析;动力学分析;荧光及发光探针;纳米技术;实时动态监测等。SCA是一个新兴的学科,在诊断领域有着巨大的潜力。本文目的在于了解SCA的各个环节,因为我们相信SCA是一个广泛的、与NGS/RNA-Seq无定形交叉的技术。

SCA与RNA-Seq的发文趋势

鉴于大量研究人员参与了RNA-Seq的研究,本文通过自下而上的出版物来分析RNA-Seq的发展趋势,此外,集体出版物分析对细分市场的确定很重要,因为这些市场可能最终会扩大或主导整个市场。


图1

图1是一种在出版物数据库中查看特定主题并显示全体字段的方法。该报告分析了RNA-Seq和SCA的发文交集,结果发现在SCA出版物中(总共28401个——代表所有的单细胞分析出版现状),有322个专注RNA-Seq。我们试图去了解在SCA背景下RNA-Seq以及NGS的侧重点在何处。换句话说就是RNA-Seq或NGS如何在不同的生命科学领域中交叉应用。


图2

从图2可观察到,在SCA研究领域中,关于microRNA表达谱以及表观遗传修饰的研究均较少,这意味着与生物标志物相比较该领域仍处于起步阶段。同时还可以看到,人们对多态性/SNPsn以及核酸的研究兴趣正如期望那样朝单个细胞的构成分析方向发展,其中最主要的是分析基因变化对功能的影响。


图3A

该报告进一步分析SCA领域当前所应用的技术,图3给出的数据显示一些特定的平台如何在SCA领域中快速发展。如图3A清晰显示微流控芯片的发展,同时还研究了其他技术的发展情况,如质谱法,这些数据显示在图3B中。综上所述,由数据显示,成像技术、质谱以及流式细胞术在SCA市场中均属于增长阶段。


图3B

这些数据表明深入剖析单细胞的技术在不断增长,这与我们所发现的RAN-Seq技术在SCA领域中的应用增长相符合,证实了深入分析单细胞分子实体以及理解单细胞蜂窝组成的势头不断增加。


图3C

图3C表明血液、血浆和血清是SCA领域主导的生物流体,比其他生物制剂代表性都强。这些数据绘制了当前SCA分析研究的格局,为今后SCA分析的发展潜质尤其是临床部署提供参考。

测序是SCA的关键平台

本文试图了解测序(RNA-Seq以及NGS)平台在SCA领域的重要性,详细分析了在SCA背景下NGS以及RNA-Seq的发文情况,图4A对此给出了具体数据。图4B显示SCA突破性出版物专注于基因分析领域。数据显示,在SCA领域,基因组分析有明显的扩张,这表明在未来几年我们将见证来自单细胞的更详细的遗传、表观遗传以及转录组的表征信息,这将为诊断以及液态活检的发展提供新力量。

总结

在GEN报告中,试图连接SCA与RNA-Seq,因为它们都与单细胞的深入理解有关,同时该报告揭示了SCA在诊断领域的潜质以及揭示未来单一细胞活检的发展机会。我们相信,该领域的未来市场机会将落在基于单细胞的癌症诊断的发展上,利用RNA-Seq来剖析循环细胞的转录组,揭示细胞的基因表达模式,并成为未来的癌症诊断模式。

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