李兰娟院士连发两项“基因组测序”成果
生物通/何嫱 · 2015/08/14
近日,李兰娟院士课题组宣布她们不仅对分离自脑脊液的耐药山羊葡萄球菌进行了全基因组测序,还首次获得了从酵母中提取出的面包乳杆菌的基因组序列草图。两篇研究论文发布在《Genome Announc》杂志上。


浙江大学的李兰娟(Lanjuan Li)院士是我国传染病学领域杰出的领军人物,其从事传染病临床、科研和教学工作已有40多年。她不仅是我国人工肝的开拓者,创建的人工肝支持系统治疗重型肝炎曾获得重大突破。还首次提出了感染微生态学理论,从微生态角度来审视感染的发生、发展和结局,为感染防治提供了崭新的思路。

近日,李兰娟院士课题组宣布她们不仅对分离自脑脊液的耐药山羊葡萄球菌进行了全基因组测序,还首次获得了从酵母中提取出的面包乳杆菌的基因组序列草图。两篇研究论文发布在《Genome Announc》杂志上。

Whole-Genome Sequence of Multidrug-Resistant Staphylococcus caprae Strain 9557, Isolated from Cerebrospinal Fluid

山羊葡萄球菌(Staphylococcus caprae)是凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)中的一员,最早是从山羊分离出来,已被公认为是一种重要的医院病原菌。山羊葡萄球菌主要与骨及关节感染有关。此外,它也可以引起侵入性感染,包括尿道感染、菌血症、心内膜炎、脑膜炎和眼内炎。但目前对于促成其毒力及存活的基因却知之甚少。

在这篇文章中,研究人员从脑脊髓液样本中分离出了多药耐药山羊葡萄球菌菌株9557,对其进行全基因组测序解析了这种细菌致病及耐药的遗传基础。组装基因组的大小达2,747,651 bp,GC含量达33.34%,获得了249倍的覆盖度。基因组序列预期编码了2,678个基因。

基因组分析结果揭示,9557菌株包含各种类型的、与粘附、抗吞噬作用、胞外酶、铁摄入和分泌系统及溶血素相关的毒力因子。这些毒力因子是粘附宿主、免疫逃避和损伤宿主细胞所必需的。在9557菌株中鉴别这些基因对于阐明可能与毒力和流行分布相关的基因至关重要。此外,研究人员还鉴别出了一些抗菌素耐药性基因,包括aadD、blaZ、mecA、qnrD、lnuA和msrA基因。

进一步搜寻假定的噬菌体元件,揭示出存在一个完整的原噬菌体区域及两个可疑的原噬菌体区域。有研究证实,原噬菌体与金黄色葡萄球菌的毒力直接相关。但迄今尚未描述过原噬菌体在山羊葡萄球菌中的功能和含量。此外,在这一基因组中研究人员还鉴别出了7个假定的CRISPR重复区域。

Draft Genome Sequence of Lactobacillus panis DSM 6035T, First Isolated from Sourdough

面包乳杆菌(Lactobacillus panis)最早是从长期发酵的酵母中分离出来,是一种杆状的革兰氏阳性的、不会移动的、无孢子细菌。

在这篇文章中,研究人员绘制出了面包乳杆菌DSM 6035T的基因组序列草图。其基因组大小为2.08 Mb,G+C含量为47.9%,与高效液相色谱法检测结果相似。这一DSM 6035T基因组包含2,047条编码序列(CDS)、20个不完整的rRNAs和61个tRNA。预计总共有81种非编码RNAs (ncRNAs)和3个CRISPR序列。

研究人员从中发现了一些与糖代谢有关的基因,包括6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶、L-核酮糖-5-磷酸-4-差向异构酶等,与以往的结果相一致表明了这一物种是异型发酵。面包乳杆菌的基因组信息对于进一步研究它在食品工业领域和其他方面的应用将非常有用。

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