世和基因亮相国际眼科肿瘤学会(ISOO)
2015/08/05
今年年中,世界权威的国际眼科肿瘤学会(International Society of Ocular Oncology,ISOO)在法国巴黎召开,世和基因应邀参加盛会并联合加拿大Impact Genetics和北京儿童医院赵军阳教授分别做了两场关于视网膜母细胞瘤(RB)基因检测的学术报告。

今年年中,世界权威的国际眼科肿瘤学会(International Society of Ocular Oncology,ISOO)在法国巴黎召开,世和基因应邀参加盛会并联合加拿大Impact Genetics和北京儿童医院赵军阳教授分别做了两场关于视网膜母细胞瘤(RB)基因检测的学术报告。

学术报告一:世和基因、Dr. Brenda Gallie教授及赵军阳教授联合发表了《中国RB基因突变情况概述》。报告分析了中国2014年4月-12月超过110家庭的RB基因检测突变数据情况,将全球第一份基于中国RB患者的基因突变图谱展现在国际眼科专家面前,并且有力地证明了世和和ImpactGenetics的这种国际合作模式在RB1基因检测方面的有效性。

学术报告二:世和基因联合ImpctGenetics发表了《高通量测序技术对RB基因检测的影响》。报告阐述了高通量测序技术在RB基因检测领域的优势:(1) 敏感性更高,有效提高了突变检出率;(2)节约成本。世和基因对32例通过传统PCR检测无法检测出基因突变的双眼患者进行了高通量测序,从中确认了相当一部分传统检测方法无法检出的RB突变。

报告一:中国RB基因突变情况概述

作者:Junyang Zhao,Marc Zhao(世和基因),Brenda Gallie (Impact Genetics),Franny Jewett (Impact Genetics)

目的:

论证一种国际合作模式在RB1基因检测方面的有效性。

方法:

我们对2014年4月至12月间114例中国眼癌病人的基因报告及临床数据进行了一次回顾性研究。世和基因负责RB1基因的检测操作。检测分为三步,具体步骤如下:1. 针对RB1基因核心启动子区域及外显子1-27(包括附近的内含子拼接区)的高通量基因测序(NGS)与分析。2. 使用桑格测序确认被辨识的基因变体,以及对NGS低覆盖区域进行复检。3. 使用定量聚合酶链式反应(qPCR)确认NGS测序所辨识出的拷贝数变化。Impact Genetics对如何理解检测结果提出建议,并生成基因分析报告发还给医生,之后由医生就结果向病人做出解释。

结果:

在参与检测的114个病例中,87例为单眼眼癌,16例为双眼眼癌,另外11例为病人家属(病人已去世)。其中10例(11%)单眼眼癌检测出遗传性突变:5例点突变,5例拷贝数突变。全部16例(100%)双眼眼癌检测出遗传性突变:14例点突变,2例拷贝数突变。3位病人家属检测出遗传性突变。收集到的临床数据中显示参与检测的病例中有18例还有其他家族癌症病史。

结论:

11%的单眼眼癌病人有种系突变;拷贝数突变与单眼眼癌有重要关系(50%);RB1基因检测对单眼眼癌患者及其家属具有重大意义。全部双眼眼癌病例血液中检测出遗传性突变,其中88%(14/16例)为点突变,12%(2/16例)为拷贝数突变。16%的眼癌病例还有其他家族癌症病史,暗示RB1基因有可能在其他癌症的发展中扮演了一定的角色。

报告二:高通量测序技术对RB基因检测的影响

作者:

Hilary Racher (Impact Genetics),Sharlene Koroscil(IG),Crystal DSilva(IG),Xue Wu(世和基因),Chao Zhang(世和基因),Xiao fang Huang(世和基因),Franny Jewett(IG),Yang Shao(世和基因),BrendaGallie(IG)

目的:

高通量测序技术(NGS)正逐渐为全世界各大分子基因实验室所采用。当需要研究大量的病人样本/基因时,NGS是一种成本有效且高效率的方法,可以深入探究各类可被测序技术检测到的基因变体。其中针对RB1研究的焦点目前集中在如何挖掘NGS检测拼接变体的潜力上。我们在此报告NGS在本实验室的眼癌基因测试中表现出了提升的敏感度,并从更广义的方面分析此结果会如何影响临床基因检测的成本有效性。眼癌基因检测的成本有效性已经是众所周知。

方法:

Impact Genetics集中从双眼眼癌患者中提取到的且未检测出RB1变异的DNA,并对其进行生物素探针处理,以最终通过杂交技术完成对RB1基因的编码序列,两侧内含子区域及核心启动子的捕获。NGS使用Illumina MiSeq测序仪完成。在加拿大医疗费用体系大框架下,我们使用决策分析模型对NGS与常规测序技术在眼癌基因检测方面的成本有效性进行比较。

结果:

所有双眼眼癌患者基因中均应带有RB1基因的种系突变。然而,经过大量的基因分析后,我们发现本实验室提供的病人血样中,有3.4%不带有RB1突变。已有其他报告宣称在极高深度(400x)NGS测序下,检验敏感度得到了1%的提升(Chen et al 2013 PMID: 24282159)。我们使用常规技术(包括桑格测序,拷贝数检测,以及针对11种反复出现变异的特定等位基因PCR)共检测757例双眼眼癌基人,其中32例未检测出变异。而针对这32例病例所做的NGS分析中,得到的数据初步显示NGS发现的变异数相较传统方法得到了中等的提高。在NGS的成本有效性方面,我们对各类检测方法的以下信息进行了总结:检测成本,总体检测敏感度,以及单个变异发现成本;总结针对的检测方法包括:只使用NGS(国际科研界大趋势),只使用桑格测序及拷贝数检测(目前北美主流),及本实验室独立研发的检测方法配合或不配合NGS进行检测。对于模型中不确定的部分,我们用敏感度分析进行了处理。分析显示,对增量成本效果比产生影响的因素从大到小依次为:检测敏感度,亲属数量,检测成本;NGS可以节约成本。

结论:

NGS可适度地提高双眼眼癌病人的RB1基因突变检出率,是一种经济有效的检测方法。


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