专访生物信息大数据的新星:罗奇斌博士
2015/02/11
随着测序费用的下降,越来越多的百姓可通过“基因测序”来认识生命的本源,探索造物主构建“自我”的好奇心。然面对海量的数据,普通人只能束手无策甚至望尘莫及,因此一批专注于生物信息数据分析的弄潮儿在基因行业初露头角。生物探索借此浪潮采访了生物信息界的新星——奇云诺德的罗奇斌博士。


当IT技术已经成为世界的核心工具之际,我们可以通过构建模型分析金融股票,通过多次迭代解决数学物理难题问题,通过CAD等软件设计精美复杂的建筑图纸,通过最基础的office软件对商业命脉进行运筹帷幄……

试想有一天,当基因测序如日常体检一样普遍,当属于个体DNA的芯片证件如同身份证一样普及,当我们用一些新兴的程序对与生命息息相关的生物数据进行分析和整合,世界会怎样?你的生命又将发生何种质变?


从生物大数据到临床实践应用过程

其实这一天并不遥远,它已经朝我们姗姗而来。这正是生物信息要做的事情,生物信息学是生命科学和计算机科学结合形成的一门新学科,旨在将基础科学转化为实际应用。

如上图所示,当“精通数学运算的人才在编写程序分析海量的生物数据规律后,将其预测的结果告知生物学家,并让他们进行假设验证,最后制药商们构建相关模型进行药物临床试验,开发针对个体的药物,从而最终造福于人类”的愿景初现之时,一批最先嗅到商机的科研工作者们纷纷投入基因产业领域。于是,“采用计算机强大的运算能力来解决生物实验中出现的海量数据,探索更多生物信息规律及特点”的生物信息学应运而生,并逐步走向成熟。

一直以来,存储量高达数T的数据让许多人望而却步,就像现在股市中海量的股票信息,虽然每个人都可以查询到,但却只有特定的Analysis可以发现其中蕴含的商机。请再试想一下:倘若有一群牛人不仅可以破解人类生老病死相关的基因信息,还能帮你分析,你有什么疾病、可能患有什么疾病……这样的想象似乎与当初人们无法想象微软会引领IT行业崛起一样“天马行空”,但是谁知道会不会实现呢?

生物信息产业的前景是不可估量的,近日生物探索有幸采访到了生物信息产业的弄潮儿——北京奇云诺德信息科技有限公司的罗奇斌博士,作为提供生物信息服务的先行者,他向我们讲述了基因产业的发展史以及当下整个行业面临的机遇和挑战。以下是生物探索对罗博士的访谈实录。

生物探索:奇云诺德创立的初愿、过程及产品定位服务群体是什么?

罗博士:北京奇云诺德信息科技有限公司成立于2014年10月底,是一家高科技的生物信息大数据公司。奇云诺德提供一站式生物信息大数据平台,为科研领域和医疗领域的用户提供最为全面的生物信息分析应用,给用户带来专业、高效、稳定和经济的生物信息数据分析解决方案。通过模块化、自动化、可定制化和弹性化计算的方式,奇云诺德为用户提供组合多样、操作灵活和拓展性强的应用方案,并通过出色的交互界面和数据可视化分析工具,给用户带来前所未有的解读体验。凭借对于生物基因和生物医学的深厚经验,奇云诺德擅长于行业数据分析与行为数据挖掘,将为客户贡献卓越的大数据价值。

我是从去年8月份离开中科院自己创业,期间找到了在互联网已经有十年经验的合伙人陈昶安(Charles),我们组建团队开始设计一个生物信息和互联网结合的基因大数据平台。QYNODE这个名字的由来是有两部分组成,一个是QY,就是奇云,另一个是NODE,是点的意思。奇云诺德希望在中国能够服务每一位客户,就像一个点,最后成为一个网络,形成一片云,就是奇云。里面的奇字,也是我名字中带有的奇字。

在我们把产品设计出来以后,遇到一个很关键的环节,就是数据平台还缺乏一个应用的出口,那就是在医疗健康中的应用。就在这个时候,曾经创立360基因的联合创始人陈晓迪博士刚刚离开360基因,我们三人经过几次的碰面,敲定了目前上线的“基因数据发动机”产品原型。与此同时,我的校友王俊,他在德国工作了多年,并刚刚完成了德国慕尼黑工业大学和美国加州伯克利大学的MBA,得知我正在创业的消息以及了解到奇云诺德在做的事业,毫不犹豫回国加入了我们的团队。有了陈博士和王俊的加入,产品在十月份正式启动研发,经过三个月不分日夜的奋斗,“基因数据发动机”终于在一月份正式上线开始公测。同时,伴随着王俊的加入,公司也开始朝着在商业模式探索方向上不断努力。

目前,奇云诺德已经完成了在线平台架构1.0的开发,贯通了业务流程和支付流程。在奇云诺德生物信息平台上,不仅有自己开发的生物信息应用和流程,还能让行业中所有的生物信息专家将其自行开发的应用和流程部署到奇云诺德平台上,实现生物信息电商平台。一站式的生物信息平台,将让用户专注于他们的强项,让开发者享受智慧的盈利。

生物探索:如何看待“基因产业发展的阻力不在于技术本身,其主要的瓶颈在于对数据的处理与分析”这一观点?对于提供生物信息分析服务的初创企业,目前面临的机遇和挑战是?

罗博士:对数据进行处理和分析本身也属于技术范畴,没有过硬的生物信息分析技术和对基因行业多年经验的积累,是无法理解基因数据本身的生物学涵义以及数据分析带来的应用价值的。国内提供生物信息分析服务的公司,大多处于小作坊的规模,而对于一些比较大的生物科技公司,生物信息只能是作为服务主营业务的一个子部门。目前生物行业的趋势是分工,如同其他的行业发展一样。基因行业作为一个朝阳行业,其发展的方向必定是走向细分。不管基因测序技术应用在医疗健康还是科研服务,生物信息分析成为一个至关重要的环节已经是公认的趋势。

在目前的大趋势环境下面,市场会诞生众多专业从事生物信息分析服务的公司。基因行业的细分也会造成许多生物信息公司走向专业化服务的方向,这样的专业化体现在不同的维度,比如从研究领域来区分,有基因组分析、转录组分析、甲基化分析和宏基因组分析等;从技术层面来区分,如生物云计算服务平台,生物云应用服务平台,基因数据的可视化平台,生物信息数据电商平台等;从应用服务领域来区分,像基因检测分析服务,肿瘤用药指导分析服务,肠道微生物健康分析服务等。

基因产业的发展,离不开细分领域的专业化信息公司。目前行业的瓶颈不在技术,而在于需要一个很好的商业模式和生态环境让这些小型的生物信息服务公司能够有机的形成健康的产业链,共同推动基因产业的进步。

生物探索:接下来打算如何扩大自己的生物信息数据样本库呢?今后我国是否也会出现基因数据共享的平台,对于“数据共享”这一观点持什么态度?

罗博士:目前提供基因信息分析的公司的确不多,一方面原因是大多数传统的生物科技公司能够自我搭建生物信息团队就可以解决本身主营业务对数据分析的需求,另一个原因是刚刚进入高速发展的基因测序技术还需要一个相对较长的时间来积累形成大数据,从而促使专业化生物信息分析公司的萌芽和发展。从华大基因的崛起历程我们可以看到,中国已经成为世界的基因测序工厂,这意味着接下来的几年,基因数据的积累会出现井喷式增长,国家对于基因数据的存储、管理和应用会逐步出台相关的政策来规范行业和市场。与此同时,对于基因数据的归属问题,基因数据分析使用的云计算资源安全性等问题,将是未来社会需要解决的至关重要环节。只有规范这些环节,制定相关的政策,统一基因数据应用的标准,我国才会出现健康发展的“基因数据共享”平台。

生物探索:在面对Illumina、Life这些强大的上游竞争对手时,您觉得从业者需要从哪些方面努力才能在市场上做到有所突破?中国基因行业是否会出现向Apple那样整合创新能力极强的新兴公司?

罗博士:Illumina、Life这些强大的上游企业,并不是生物信息分析服务公司的竞争对手,相反,他们都是很好的合作伙伴。2014年的上半年,Illumina公司成立基因组学孵化器,目的在于为应用测序技术的新创企业提供援助,帮助企业家加快上市时间。这些巨头很清楚,一个行业的良性发展不在于垄断,而在于形成一个健康的生态环境。如果Illumina真的想要打造一个Apple那样的生态环境,结局会是像App Store那样让千千万万的开发者富起来,如果Illumina的野心足够大,应该也能帮助千千万万的生物信息公司发展壮大起来。

当然,这样的预测并不是说未来的Illumina能成为Apple那样伟大的企业,只能说有这种可能,每个公司都会有自己的DNA。同时我们要看到,Illumina的未来走向以及互联网巨头们的加入对整个基因行业的影响。对于这方面的未来预测,在我的《基因产业四部曲:下一位颠覆基因行业的是谁?》里面也做了详细的分析。

生物探索:能否结合自身经历分享从事该行业10多年的心得与感受?2015年对整个行业的愿景,以及贵公司接下来的计划?

罗博士:我是从2004年进入生物信息这个行业,大学本科专业是生物工程,由于对计算机的爱好,同时修了一个计算机专业。大学期间一次偶然的机会,让我看到了关于人类基因组计划的报道,了解到当时中国参与这个计划的两位华人科学家杨焕明和于军。毕业以后我毫不犹豫地搬到杭州,迫不及待地在一次报告中找到于军教授,得知于军教授在浙江大学刚刚成立的沃森研究院招收生物信息学研究生时,我立马做了决定,以后投身这个行业。第二年,我有幸成为了于军教授的弟子,同年在修完了全部学分以后,被派到了中科院北京基因组研究所开始科研工作。2007年华大基因离开中科院基因组所的时候,我刚好获得德国DAAD全额奖学金,于是在2008年赴德国慕尼黑工业大学攻读生物信息博士学位。在德国留学期间,主要进行蛋白质结构域互作网络算法以及机器学习方法在基因数据分析方面的应用研究。2012年回国以后继续在中科院基因组所从事第二代测序数据分析方面的算法应用研究。

回国以后,我一直没有停止对于生物信息这个行业未来发展问题上的思考。德国在基因组学和生物信息学上的研究比国内早一些,我们实验室的导师在1997年就成立了欧洲最早一批生物信息公司Biomax,后来创立了欧洲第一家大数据挖掘和可视化软件信息公司Viscovery。德国在技术转产业方面做的很不错,慕尼黑作为欧洲的专利中心,这里有着世界顶级的企业,如罗氏(瑞士)、拜耳、宝马、奥迪和西门子等。国内在生物信息这个领域其实一点都不会比欧美国家落后,在很多生物信息领域上华人做出了不少杰出的成绩,但是很多优秀的人才没有回国,回国以后大多数也在科研机构从事科学研究。回来以后,我感触最深的是,国内缺少产业界的科技人才,我始终相信,在科研领域有着无数聪明和勤奋的青年科学家在努力奋斗着,其中并不缺我一个,但是在产业界,我们需要更多的人参与进来促进科技转化成为产业动力。当时这种想法不断地困扰着我,也萌生了自己创业的想法。从想法到行动,没有太多的犹豫,我在2014年8月离开中科院自己创业。2015年是我们基因行业高速发展的一年,生物信息作为整个行业的关键和瓶颈,很快会成为风口,我们公司希望在这个风口上面能够贡献自己的力量,推动整个基因行业向前发展,这也是我们把产品取名为“基因数据发动机”的缘由。“基因数据发动机”进来的是数据,烧出来的是能量,我们希望更多的优秀人才加入到我们奇云诺德,也希望更多的互联网高手进入基因行业,在大家的努力推动下,让基因行业更快的前进。

采访后记:

正如罗博士在采访中所述,目前中国提供基因信息分析的公司并不多,像罗博士这样为梦想而选择从事一个新兴领域的创业者也屈指可数。不过罗博士并不是这个行业的个例,他代表了从事生物信息学分析者的心声。写到这里,小编突然有一种被这些先行者们那股执着的力量而感动的心情,他们放弃了纯IT公司的高薪,投入到这个全新的产业中来,迎接他们的是未知的挑战和需要不断探索的商业模式。

由于生命是一个动态变化的过程,这使得与我们息息相关的生命科学最晚与IT技术挂钩。无论从事什么研究领域,只有将基础科学转化为实际应用并作用于社会才具有真正的价值,生命科学也不例外。虽然这个行业还处在“小荷才露尖尖角”的阶段,但小编相信:沧海桑田的变化尽在咫尺之间,作为一个旁观者,见证这个行业的成长和它面临的磕绊,真心很为之感动和欣喜,在此也希望这个行业在新的一年里“乘风破浪会有时,直挂云帆济沧海”!

附:罗奇斌博士介绍

基因大数据解读专家,奇云诺德创始人

慕尼黑工业大学生物信息学博士,曾从师华大基因及中科院基因研究所联合创始人于军教授,国内首批生物信息人才。曾多年担任中科院北京基因研究所生物信息分析骨干工作,并出任北京路思达生物信息科技有限公司生物信息学总监,目前担任易科学生物信息学顾问以及“和君医药医疗健康沙龙”专家委员会委员。曾为业内多家生物科技公司搭建生物信息业务。 9年国内外生物信息项目管理经验,10年海内外生物信息教学经验。在国内组织并翻译出版书籍《临床生物信息学》,致力于基因数据解读培训在国内的推广,2014年在全国各地开展巡回的基础和临床生物信息公益讲座,为广大的基因大数据分析爱好者提供培训教育平台。

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