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盘点:近期最热的基因组测序新成果

2014/12/09 来源:生物通/叶予
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导读
The scientist杂志盘点了近期各大杂志上最热门的基因组测序成果,中国团队的几项测序研究受到了广泛关注。
The scientist杂志盘点了近期各大杂志上最热门的基因组测序成果,中国团队的几项测序研究受到了广泛关注。

种属:兰花(Phalaenopsis equestris)


基因组:约1.2 billion bp

我国研究团队于十一月二十四日在Nature Genetics杂志上发布了小兰屿蝴蝶兰(Phalaenopsis equestris)的基因组序列。这是一种广泛用于杂交育种的兰花品种,基因组含有29,431个蛋白编码基因。这一成果为进一步的兰花生物学研究奠定了基础。

该项目由清华大学深圳研究生院黄来强教授和国家兰科植物种质资源保护中心暨深圳市兰科植物保护研究中心刘仲健教授领衔完成,参与单位还包括台湾成功大学、中国科学院植物所、比利时根特大学、深圳华大基因研究院、华南农业大学林学院等多个研究团队。

种属:川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)

基因组:约3 billion bp

中科院动物研究所、中国科学院大学、北京诺禾致源(Novogene)公司的研究团队测序和装配了一只雄性川金丝猴的基因组,并将其与三个近缘物种进行了比较。这一成果发表在十一月二日的Nature Genetics杂志上。研究人员发现,川金丝猴从脂肪酸获取能量和降解外源物质的能力得到了增强。这些信息可以帮助人们进一步理解疣猴亚科的膳食适应和进化史。

种属:肠病毒D68(EV-D68)

过去几个月,肠病毒D68令数百名美国儿童患病。华盛顿大学的研究人员测序和分析了肠病毒D68(EV-D68)的基因组,这一成果将发表在新一期的Emerging Infectious Diseases杂志上。(Genome Sequence of Enterovirus D68 from St. Louis, Missouri, USA)

肠病毒D68(EV-D68)能在儿童中引起严重的呼吸道疾病。其基因组序列可以“帮助人们开发更好的诊断测试,”共同作者Gregory Storch说。“有助于解释病毒感染为什么会造成严重的疾病,以及EV-D68为什么比过去传播得更广。”

种属:蜈蚣(Strigamia maritima)

基因组:290 million bp

包括Baylor医学院在内的国际团队首次完成了多足类动物的基因组测序,一种生活在海边的蜈蚣Strigamia maritima。这一成果发表在十一月二十五日的PLOS Biology杂志上。

S. maritima有毒而且生活在地下。研究人员认为,这种蜈蚣的基因组序列有助于日后研究多足类动物的进化。

“它的一些基因可以为人们提供直接的帮助。蜈蚣能通过注射毒液使猎物麻痹,”文章的共同作者,剑桥大学的Michael Akam说。“这种毒液的成分往往可以制成强力的药物,蜈蚣基因组序列将帮助人们找到编码这些成分的基因。”

种属:弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris、Scartelaos histophorus、Periophthalmodon schlosseri、P. magnuspinnatus)

基因组:平均827 million bp

弹涂鱼又称跳跳鱼,是世界上唯一一种能在陆地上活动的鱼类。它们适应独特的生境,生活在近海沿岸及河口高潮区以下的滩涂上或是咸淡水的交界处。弹涂鱼既能在水中呼吸,也能在空气中呼吸。

深圳华大基因研究院的科学家们对来自不同栖息地的四种弹涂鱼进行了基因组测序,这项研究发表在十二月二日的Nature Communications杂志上。研究显示,弹涂鱼的鱼鳃中有关氨排泄的几个基因经历了正向选择,“表明它们对于弹涂鱼耐受环境氨的能力很重要”。此外,研究人员还对弹涂鱼的视觉相关基因进行了研究。

脊椎动物从水生向陆生过渡是一个重要的进化事件,而弹涂鱼基因组为此提供了宝贵的信息。

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