测序技术发展过快?基因组学千万大奖告吹
生物探索 · 2013/08/28
测序技术飞快发展而导致测序成本直线下降,这使得X奖基金会近日决定取消了奖金高达1000万美元的基因组学Archon X奖。让人始料无极的是,截至到今年5月31日仅有Life Technologies和哈佛大学Wyss研究所两支队伍报名,不过据有关人士称取消比赛的决定与参数人数无关。

X奖基金会近日决定取消了奖金高达1000万美元的基因组学Archon X奖(Archon Genomics X Prize),因为基因组测序成本的直线下降已使得竞争毫无意义。


X奖基金会的主席兼CEO Peter Diamandis在上周四宣布了关闭竞赛的决定。他表示,这是因为如今每个基因组的测序费用不到5,000美元,并能在几天内完成。“我们认为竞赛不能激励技术改变,而这一目标正是我们的主席Craig Venter博士、我们的赞助商Stewart and Marilyn Blusson以及X奖委员会的初衷。基于这一理由,我们决定有史以来第一次取消X奖。”

基因组学X奖致力于推动测序技术改进

基因组学X奖于2006年启动,旨在刺激测序创新,其目标是在10天内对100个人类基因组进行测序,每个基因组的费用控制在1万美元以下。之后,目标调整为对100个百岁老人进行测序,以便创建出医疗级别的基因组。参赛队伍被要求在30天内完成测序,且每个基因组的测序费用控制在1,000美元或以下。此外,还有准确性和完整性方面的要求。

参赛队伍的正式招募从2011年11月开始。去年7月,Life Technologies成为第一支正式报名参赛的队伍。三个月后,哈佛大学Wyss研究所George Church 领导的队伍加入。然而,到今年5月31日报名截止时,也仍然只有这两支队伍。不过,发言人表示,取消竞赛的决定与参赛人数无关。

《Nature》的记者Erika Check Hayden曾表示,要想赢得这1000万美元可没那么简单。目前主流的测序技术是对DNA短片段测序,再进行拼接,会引入错误,难以达到X奖对错误率的要求。而对长片段测序的新技术比较慢,也很昂贵。

Diamandis表示,尽管已取消,但这次竞赛让人们看到了快速、低成本的医疗级别基因组的需求。此外,它也带来了一些重要的资产。100位百岁老人的血液样本被采集,且细胞系已建立,以保存他们的DNA。

同时,在邓普顿基金会(Templeton Foundation)的支持下,验证步骤已建立。Diamandis认为这是行业第一个分析工具,可评估全基因组序列的整体质量。“两者都有巨大的潜力,将使全世界的基因组学研究界受益。”

与此同时,基因组学X奖的高级主管Grant Campany不排除有另一个X奖,也是关于基因组学方面的竞赛。“我们正在与冠名赞助商讨论其他可能的奖项赞助机会。”

多数公司为何不愿参加基因组学Archon X奖?

一个解释是参赛投入比奖金花费还大,但是之前的的Ansari X奖花费的成本也不小,却能吸引好几十个参赛者。

一部分答案是,一个基因组学的奖项不容易向大众解释,结果它不具有相同的宣传效益。美国加州大学圣巴巴拉分校纳米技术协会中心的研究员Luciano Kay解释道。Kay接着说,一场可以行驶10公里的无人驾驶汽车竞赛远比在微小尺度上对一个物质或基因进行操作以解决一个科学技术性难题更具吸引力。

并且,基因组学X奖的目标——快速和廉价地在医疗级别测定全基因组序列——目前也许并不是商业市场上的当务之急。基因组学已经蓬勃发展到以不完整序列为研究基础,Rothberg指出,目前科学家只能解读一小部分编码蛋白质的基因组(外显子),他们还不清楚能从其余精确序列中得到什么。

尽管如此,谁赢得了这个大奖就有自豪资格了,这就解释了为什么Ion Torrent决定参赛,也解释了为什么Illumina决定不参赛:失败只会削弱他们的声誉。休斯医学研究所Janelia农场校园开发应用科学工具的Timothy Harris说道。

基因组学X奖高级主管Grant Campany希望还有其他团队在9月份比赛开始前加紧参与竞争。即使他们不来,科学家预计这些目标在未来几年内也将会实现,无论是通过奖项还是不通过奖项。“如果你能够有那样的表现,那么你的商业优势将大大超过其他任何人。” Harris说。“这种商业优势比X奖本身更有价值。”

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