Oxford Nanopore开发连接智能手机的纳米孔测序仪
测序中国 · 2016/06/02
牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)透露,正在开发一种连接智能手机使用的纳米孔传感器,用于DNA测序和其他应用中。公司还对其他研发中的新产品进行了介绍。另外,该公司成立了一家分公司,名为Genome Foundry,关注合成生物学的应用。


牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)透露,正在开发一种连接智能手机使用的纳米孔传感器,用于DNA测序和其他应用中。公司还对其他研发中的新产品进行了介绍。另外,该公司成立了一家分公司,名为Genome Foundry,关注合成生物学的应用。

开发连接智能手机使用的纳米孔仪器SmidgIon

公司首席技术官Clive Brown透露,这款新型纳米孔仪器称作SmidgIon,正处于早期研发阶段,预计在2017年末可以投入使用。该产品同样将使用应用于MinIon和PromethIon仪器的核心纳米孔传感技术,但是该仪器将比MinIon更小,每个flow cell中有256个channel,可以连接到智能手机上或者其他低功率仪器上,用于感应DNA、RNA或蛋白质。

据公司透露,SmidgIon可应用于更加广泛的领域,包括疾病爆发中的病原体监测,分析环境样本或者农业样本,对于野生动植物或木材进行实时物种鉴定。

其他正在开发中的产品

Brown说,另一个处于早期研发阶段的产品称作Project Zumbador,该产品将生物学样本的核酸提取和文库制备结合到一个设备中,将在第三季度发布。

公司同时还在研发MinIon和PromethIon上直接进行RNA测序的kits,这项产品计划在接下来的几个月内提供给开发者。公司表示,该产品可利用adapter和马达蛋白控制RNA移位,指导RNA进入纳米孔。Oxford使用这种方法已经对来自人类鼻病毒的RNA进行了测序,并表示直接进行RNA测序可以检测到RNA上的甲基化修饰。

另外一个产品VolTrax是一款样本制备仪器,将在今年秋天提前供应给目前使用Oxford纳米孔测序平台的客户。公司表示,首批发布的仪器VolTrax将依附在一个小型USB仪器上,然后附着于MioIon或者PromethIon仪器上。

Oxford Nanopore同样还计划不久后实现MinKonw平台碱基识别软件的本地使用。

第一台PromethIon近期已经出货

Brown说,第一台PromethIon近期已经出货给客户了,他还展示了该平台的一些内部数据,共使用了48个flow cell,每个flow cell中含有3000个channel。使用R9试剂,每个纳米孔每秒测序250个碱基,准确率和小孔利用率都与MinIon一致。该系统目前的性能是运行48小时产生6.2Tb数据,将来会进一步增加至12.4Tb。根据Brown的报告,公司目前正在调试软件用于控制大型数据集的碱基实时识别,优化芯片表面化学试剂以及生产流程,并开发一种快速的碱基识别程序。

全部使用新型纳米孔R9

除此之外,Brown表示,Oxford Nanopore已经不再出售R7纳米孔的flow cell,现在已经全部替换成R9纳米孔的flow cell,R9即CsgG,最近得到比利时VIB研究所和伦敦大学学院授权。Brown补充道,新型的flow cell还整合了坚固的膜和一个更新的解旋酶马达蛋白。公司使用新的flow cell测序得到的最长读长为500kb,目前主要关注于提升通量和同聚物识别能力。

公司在一份声明中指出,R9系统具有更高的准确率,尤其是对于1D reads,这种reads仅读取DNA的一条链。新型碱基识别软件不同于以往的隐马尔可夫模型,它是基于神经网络模型,进一步提升了准确率。R9型flowcell测序时,每个纳米孔每秒测序250个碱基,而R7型每秒最多测定70个碱基,因此公司表示换用R9型flow cell后MinIon将产出更多的数据。Brown说,目前1D reads的准确率为90%,2Dreads准确率为95%。

与R9型flow cell配套,公司正在推出一种快速测序kit。用该kit建库只需要10分钟,而且使用的耗材比以前更少,MinIon运行开始后马上进行数据分析。公司声明中表示,目前许多早期客户正在测试这款快速测序kit,“它将很快推出市场。”

成立分公司Genome Foundry

Brown最后提到了Oxford Nanopore的一家新的分公司Genome Foundry,该公司旨在开发一种“用于合成生物学的MinIon”,使用专有的、非亚磷酰胺的DNA合成试剂。公司的目的是为了使用类似于VolTrax的仪器开发长链DNA分子。

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