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【假期get新技能】你以为你真的会用PubMed了么?

2016/02/07 来源: 实验万事屋
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导读
大家难道真的以为,直接把你要搜的关键词BIA到这个文本框,然后一按,就可以轻松搞定了么?就举个简单的例子,我们搜一下“肺癌”和“P53”的文章,一般大家都会这样搜,是不是呢?很明显,“Lung cancer”“P53”。

大家难道真的以为,直接把你要搜的关键词BIA到这个文本框,然后一按,就可以轻松搞定了么?就举个简单的例子,我们搜一下“肺癌”和“P53”的文章,一般大家都会这样搜,是不是呢?很明显,“Lung cancer”“P53”。


结果也差不多嘛,5000多条。呃,可是,等等……为毛搜出来的这些关键词都是拆开的?这不是我要的剧情啊!好吧,由于所有的Pubmed的搜索都是基于逻辑语言和关键词的。所有的空格,都会被默认为“And”。所以你搜索的其实并不是“肺癌”和“P53”,而是:“肺”和“癌”和“P53”,搜出来的未必是你要的结果。


那要怎么办呢?简单的方法就是把你所需要的词,作为词组进行搜索,要咋弄?很简单,就是加上引号就行了……好吧,是不是和纸包鸡一样简单呢?


但是问题来了,其实,怎么说呢,cancer就有好多种表达方法,尼玛不是搜了就会全部都粗线的好么?辣要怎么办呢?这个时候,我们就需要有一个总结同义词的利器——"MeSH"。


好吧,估计对于NCBI,你能了解PubMed,知道Gene bank啊,BLAST啊,了不起知道个SNPdb,会整整GEO芯片,就能翘着二郎腿地在一群无知的师弟师妹面前说自己生物信息学如何如何了得了……

好吧,这是干嘛用的,说白了,MeSH是用来归纳同义词的。MeSH分了主标目和副标目,按照这样的标目用树形图把条目都分了明细的类别,然后只要用这些主标目加副标目的关键词进行搜索,即可事半功倍。啥是主标目,啥是副标目呢?给你举个简单的例子,你们感受一下。


好了,言归正传,我们要开始搜索了,首先,我们在MeSH里搜一个你常用的词,比如“Cancer”,那就会跳出你可能会需要的主标目,也就是“Neoplasms”,这名词看上去就高大上很多了。


但我们可以点进去这个主标目,去寻找可能会需要的副标目,我们点进去后,会有个多选的页面,我选了个“放疗”。好吧,其实下面还有一些更细节的内容,比如“限缩查询”、“树状结构表”我们就暂时不看了,暂时也用不太到。


打钩后,点击边上的“Add to Search builder”加到你的关键词构建中,这样,第一条关键词,就是“肿瘤的放疗”。然后不要退出,继续找你需要的关键词,我搜了个“P53”,也通过“Add to Search builder”加到关键词构建中,这个时候注意了,用“And”这种逻辑语言的话,就代表求交集了,当然还可以自主换别的逻辑语言。构建完你的关键词之后,点击了“Search PubMed”就OK了。


我们跳转到了PubMed的界面,当然不要羡慕我,可以明确一共有多少篇几分的文章,这都是我一条条加进去的(要知道怎么整,直接点这里,有超链)。


当然,这也需要进一步调整,我们需要看写近一年的文章,就调整一下左侧的“Custom Range”,选到近一年的文章就OK啦。


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