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微滴单分子测序仪:设备成本仅1万美金

2014/09/12 来源:测序中国
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导读
以剑桥大学为依托的Base4公司宣布他们成功利用微滴中包裹的核苷酸荧光级联反应技术清楚的分辨出每个碱基的类型。这种微滴测序技术如果能够像预期的一样利用普通的电子设备,那么设备成本将会降到10000美元。

今年年初,以剑桥大学为依托的Base4公司宣布他们成功利用微滴中包裹的核苷酸荧光级联反应技术清楚的分辨出每个碱基的类型。

每一个核苷酸包裹在一个微滴中,每个微滴按照顺序放在每个小的微孔中,大大的增加微孔的数量,即可进行大规模测序。去年该公司和日立公司进行合作,通过固态的纳米系统直接读取碱基产生的信号,而不是读取碱基通过纳米孔是发射的电子信号。

微滴方法使用一个焦磷酸水解酶可以使DNA单链上的核苷酸水解下来并包裹在微滴中。微滴将通过一个微米级的管道,通过管道时级联反应促使每一个碱基产生自己特有的信号。


Base4的创始人兼CEO Frayling 说:“在实验室里,团队对每一步都做了很多处理,现在我们正在致力于把每一步结合起来做成一个独立的测序系统。每个微滴都要单独的孵育,所以找到合适的芯片来确定微滴的顺序是关键。我们已经把所有的步骤放在同一张芯片上了,并且已经开始测试,估计2到6个月内第一批测序结果就会产生。”

除了单分子测序技术,Base4 也致力于微滴测序技术其他方面的技术,他们正在尝试着通过减弱级联反应的化学反应来增强DNA的荧光信号。通过实验他们发现用价格便宜LEDs光源来激发荧光看起来是可行的,而且他们相信用普通的光学成像摄像机也可以记录分辨碱基的类型。

剑桥的研发团队说虽然目前还没有找到合作公司,但是他们希望能够和一些公司合作来加速测速设备的发展,目标是开发一款价格低廉的测序设备。如果能够像预期的一样利用普通的电子设备,那么微滴测序设备成本将会降到10000美元。

“人们希望的无疑是高通量、低成本、高精度,我相信我们的微滴技术肯定能实现这个愿望。”Frayling说。“另一方面固态纳米的测序系统在未来可能会有一定的优势,因为它不仅能够检测进行DNA测序、甲基化测序,还能检测传统的测序所遗漏的低频DNA修饰。我们希望能够快速推荐微滴测序的商业化。”

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