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纳米孔测序仪用户首谈使用体会

2014/09/07 来源:生物通
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导读
在沉默多时之后,伯明翰大学的Nick Loman作为早期试用者之一,在英国基因组科学大会上,介绍了使用MinION的体会。他表示,测序数据的实时分析为传染病的诊断开辟了新的机会。


Oxford Nanopore公司自2013年11月启动MinION测序仪的早期试用计划以来,一直受到人们的关注。今年2月,Oxford Nanopore挑选了部分申请者,并在3月开始发出仪器。4月份,MinION陆续达到申请者的手中。然而,除了少数人在推特上晒出照片之外,再没有更多的声音。Oxford Nanopore也没有相关报道。这么低调,难道他们在学苹果?

终于,最近有一位用户介绍了MinION的测序数据。这还是第一次,之前在AGBT 2014上,Oxford Nanopore公布了MinION的测序数据,但并非用户生成的。在刚刚结束的英国基因组科学大会(UKGS2014)上,伯明翰大学的Nick Loman作为早期试用者之一,介绍了使用MinION的体会。

他在摘要中写道:自2014年5月以来,我们参加了Oxford Nanopore的MinION试用计划。MinION是一款USB供电和连接的便携式单分子测序仪,能够在核苷酸穿过纳米孔时检测它们。测序数据的实时分析为传染病的诊断开辟了新的机会。

在这次演讲中,Loman介绍了参与MinION试用计划的体会,并描述了平台特有的优势和劣势。他们还将MinION应用于爆发肠炎沙门氏菌的医院和社区。Loman认为,这个平台将来有望用于传染病的宏基因组学诊断。

虽然我们无法听到这场精彩的演讲,但多亏了推特上的热心网友,我们也能了解到一些重要的信息。同时,Loman表示会公开两个MinION数据集,来自大肠杆菌K12基因组。

• MinION能够测序相当长的读取。读长受到片段大小的限制,MinION也许能测序长达50 kb的读取。

• MinION能够测序72小时,产生45,000个读取,相当于277 MB的数据。

• MinION的流动槽上有512个孔。不过,对于目前的版本,测序过程中只有200-250个孔是激活的。

此外,Oxford Nanopore的CTO Clive Brown也出席了这次会议,并发表演讲。他介绍了在开发纳米孔测序仪时所面临的一些关键技术挑战,以及他们如何解决这些挑战。他还展望了纳米孔技术的未来发展,以及这可能带来什么样的设备和应用。

不久前,有网友透露,Oxford Nanopore即将推出一款新产品,名为PromethION。它将有2,000个通道,以1G/分钟的速度产生数据。Oxford Nanopore的通道指的是纳米孔数量,如MinION有512个纳米孔或通道,GridION应该也有2,000个通道。当然,PromethION的性能不会与GridION完全相同,那么它还有什么其他应用吗?你猜呢?

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