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Nature访谈:为什么这家大型制药公司要收集200万基因组数据

2016/10/12 来源:测序中国
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导读
对阿斯利康基因组计划负责人David Goldstein来说,面临的挑战不仅仅是如何获得序列,还包括如何明智地使用这些数据。近日,Nature就相关问题对Goldstein进行了访谈。


宣布收集200万人基因组序列计划五个月后,制药巨头阿斯利康委任哥伦比亚大学遗传学家DavidGoldstein来领导这项任务。

在基因组学项目雄心勃勃的时代,这项长达10年、规模达200万人的基因组计划似乎是合理的步局。制药行业在应用基因组学方面的历史参差不齐。很多公司在世纪之交时投入了巨资,一些分析师将其归咎于不断上升的研发成本和投资回报较差。但业内已了解到,内容丰富的数据库,并不是总能转化为良好的药物开发pipelines。

但Goldstein认为基因组学的时代终于来了。测序成本降低,使研究人员积累了更多的数据。电子病历可以将这些数据与个人病史联系起来。新的实验室技术可以挖掘特定DNA序列的功能,帮助研究人员确定他们正在研究的基因是否与某种蛋白、药物或病人具有功能相关性。

Nature近日在阿斯利康总部英国剑桥与Goldstein进行了访谈。

Q:阿斯利康之前已经在进行基因组学研究了,该基因组计划与之前的有什么不同之处?

Goldstein:和其他大型制药公司一样,阿斯利康已经涉足基因组学研究很多年了。不同之处在于两点:一是规模,二是集中和协调。我们正在试图整合成一个基因组学研究中心。

Q:你在新岗位上准备开展的第一项工作是什么?

Goldstein:其中之一是在公司内部建立起具有良好判断能力的基因组学专业知识。文献对药物开发来讲是非常有价值的信息来源,但这个来源非常复杂。你必须要有专业的知识去分辨这些基因组学学术文献,分清这些文献中哪些信息是和你的药物相关的。此外,文献中存在的一个问题是,其中大部分信息是不可信的。文献中不真实的信息数量让我印象深刻。只有相对较小的一部分研究者知道这些并且懂得如何辨别信息的真假。

Q:你面临的最大挑战是什么?

Goldstein:最大的挑战可能是确保我们的基因组研究与药物研发相关并且有用。如今每个人都意识到基因组学的确在发展中,并不全是天花乱坠的宣传。

阿斯利康建立了一个长达十年的项目,打算坚持研发并得到相应成果。我们必须承认这是一个挑战,在制药行业,坚持某个事物很多年就是一项挑战。

Q:十年足够吗?

Goldstein:实际操作中我们遇到了很多问题。什么时候基因组学研究能够提供临床相关见解,并不好预测。但我认为十年时间对药物开发来说非常合适。阿斯利康是一个大公司,涉及的业务非常多。我们现在的许多基因组学研究工作对阿斯利康没有商业价值,但我们不指望这个项目立即盈利。

Q:该项目会特别关注某些类型的疾病吗?

Goldstein:我们的研究会覆盖阿斯利康所有感兴趣的东西。如果你试图调节某个基因编码的蛋白,你会希望弄清楚与该蛋白作用相关的所有基因变异信息。

Q:学术合作者将成为该计划的一个重要部分。那么合作者会发表他们的研究结果吗?

Goldstein:这是一个大型对外项目。我认为学术合作研究的成果在适当的时候都会发表。合作中确实包括了时间上的一些安排,这样可以提交知识产权材料。

我知道很多公司尝试以一种更加严格的方式利用基因组学,不打算发表研究成果。但这个领域发展如此迅速,如果你自己竖起了高墙,然后把自己围起来做研究,结果也不发表,那么你真的做的非常糟糕。

Q:我们接下来会看到2000万基因组的项目吗?

Goldstein:我认为我们以后不会再称其为项目。很明显,通过一种机制或其他途径,富裕国家的大部分人口最终都会进行测序。保险公司会越来越多地开始承保。人们在考虑生孩子时会先进行测序。将来会有更多的人参与到研究中。越来越多的人会带着他们的测序数据到药剂师或医生那儿进行咨询。

Q:基因组数据库中大多是欧洲血统人群的数据。阿斯利康的这项计划会尝试寻找更多样化的参与者吗?

Goldstein:我会尽力推动,确保基因组数据的包容性。最重要的一个原因是,基因组学如今确实有用了,甚至在个人层面上也非常重要,因此包容性变得越来越重要。

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