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卫计委:2015全国胎儿无创产前检测实验室室间质评申请开始

2014/12/22 来源:生物探索
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导读
为提高实验室外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测的质量,卫生部临检中心将于2015年度正式开展全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测室间质量评价。本文对2014室间质评结果进行了解读,为2015工作开展提供了参考。


2014年12月15日,卫生部临床检验中心发布2015年全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测室间质量评价通知,表示将于2015年度正式开展全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测室间质量评价。

室间质量评价也称为能力验证实验(以下简称PT),是指多家实验室分析同一标本并由外部独立机构收集、反馈实验室上报结果并评价实验室操作的活动,通过实验室间的比对判定实验室的校准、检测能力以及监控其持续能力。长期以来,PT一直是临床实验室和公共卫生实验室质量保证的一个重要组成部分。

室间质评目的:提高实验室外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测的质量

卫生部对全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测展开室间质量评价,主要目的是提高实验室外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测的质量。通知原文如下:

“新一代高通量测序技术发展迅速,并已由实验室研究进入到临床检测应用,如外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)检测、胚胎植入前遗传学诊断(PGD和胚胎植入前遗传学筛查(PGS)等,其中外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)检测目前已有国家食品药品监督管理总局(CFDA)批准的仪器和试剂。为提高实验室外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测的质量,卫生部临床检验中心于2015年度正式开展全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测室间质量评价。”


2014室间质评结果:绝大多数结果符合预期

这并不是卫生部第一次发布全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测室间质量评价通知,2014年11月,为配合卫计委新一代高通量测序技术应用试点工作,卫生部临床检验中心开展了该项目的全国室间质量评价活动,并要求各临床实验室使用日常所用试剂和程序进行检测。以下是2014室间质评主要结果,数据来源于《全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18 和 T13)高通量测序检测室间质量评价调查活动结果报告 》。

1、样本情况

本次共发放 20 个质评样本,编号分别为 1401、1402、1403、1404、1405、1406、1407、1408、1409、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1416、1417、1418、1419、1420。样本为人血浆,样本量为 700µl。其中 15 份样本用于本次PT 成绩评价,5 份样本用于正式质评发放样本类型的参考,不纳入本次 PT 成绩评价。具体信息见下表。 


2、各检测平台使用的实验室数及相关参数 

本次质评涉及多个检测平台(由于 CFDA 为检测仪器和配套试剂共同审批,因此本小结中所提及的检测平台,除 LDT 外,均同时代表该平台及相应的配套试剂)。其中有医疗器械注册证的检测平台:BGISEQ-100(武汉华大基因生物医学工程有限公司),BGISEQ-1000(武汉华大基因生物医学工程有限公司),DA8600(中山大学达安基因股份有限公司)等。其他检测平台有:NextSeq CN500,BioelectronSeq 4000,NextSeq 500,Ion Proton,Hiseq2000, Hiseq 2500,Ion torrent PGM。需要说明的是,没有医疗器械注册证的试剂和仪器,均属实验室自用方法(laboratory developed test,LDT),具体不同平台的参数见下表。

 

3、实验室回报结果情况 

共计有 81 家实验室回报质评结果,4 家实验室报告了两个平台的检测结果,共计收到结果 85 份,其中有效结果 84 份(即回报结果完整、在截止日期内回报的结果)。医院临床实验室共计回报 73 份结果,独立实验室回报 12 份结果。总体来说,本次质评绝大多数实验室的检测结果均符合预期结果。在 15 份 PT 评价样本中,98.8% (83/84)的实验室与预期结果完全相符,只有 1 家实验室两份阳性样本报告了“临界/灰区”的结果,其余结果也均与预期结果相符,具体的总体结果回报情况见下表。 


4、各检测平台不同样本的符合率情况 

一家使用 Hiseq 2500 的实验室报告了 1405 和 1413 号样本(预期结果为 T13 阳性)“临界/灰区”的结果。其他平台所有实验室检测结果均与预期结果相符,无假阴性和假阳性结果。 

5、各检测平台对所有样本检测的测序原始数据量和唯一比对 reads 数情况


6、PT 成绩情况 

PT 成绩≥80(即 80 和 100 分)的实验室发放质评合格证书;PT 成绩<80 分的实验室和未回报完整定性结果的实验室发放质评参加证书。本次质评中,PT成绩为 100 分的实验室 83 家,PT 成绩在 80~100 分(含 80 分)的实验室 1 家。1 家实验室获得质评参加证书。

对开展高通量测序 NIPT 临床检测实验室的启示

在2014室间质评的报告最后,卫计委指出:虽然各临床实验室的检测结果良好,但基于本检测项目在大多数实验室均尚未对临床开展,因此,在将来正式开展高通量测序 NIPT 临床检测中,仍需谨慎对待。 

尽管目前商业化的平台(包括 CFDA 批准或正在进行注册的平台)在生物信息学分析和结果判读方面,进行了简化,但是与以往临床实验室开展的核酸检测项目相比,基于高通量测序的 NIPT 仍然是一个相对复杂的检测过程。通常,NIPT 的检测流程包括:DNA 提取,文库构建,文库纯化,文库定量,文库混合、测序以及结果分析的过程,完成一个批次的检测至少需要 3~4 天,此外,在文库构建和文库定量中,会涉及到 PCR 扩增过程。 

因此,如实验室开展高通量测序 NIPT 的日常检测,需为临床基因扩增实验室,具有一定的核酸检测的基础,选择合适的检测平台,并进行性能验证,具备经过严格培训的高素质实验人员,建立实验室检测的标准操作程序,在每批次的检测中需使用阴性质控和弱阳性质控,参加室间质量评价。

具体来说,在本次质评中,部分实验室仅有两个不同的区域,不符合临床基因扩增实验室的设置要求;在选择检测平台时,医院临床实验室不建议采用实验室自用方法 (LDT),因为LDT 首先需要建立自配试剂的标准操作程序,然后还需对检测系统(包括检测仪器、试剂以及生物信息学算法)进行性能评价,给出重复性、分析敏感性、分析特异性、临床敏感性、临床特异性、阳性预测值以及阴性预测值等等性能指标,而目前来说,对于单个临床实验室,要完成 NIPT 的性能评价是非常困难的;实验室需建立标准操作程序,并需考虑到开展大量样本检测后,出现文库构建失败、检测过程操作错误、QC 未通过以及“灰区”样本需复检等情况,以及针对此情况,评价可能对检测流程和报告时间产生的影响;在当前的实验室环境条件下,仪器设备经过一定时间的运行后,是否仍能够保持良好的性能,能否保持原有的 QC未通过率以及检测失败率;此外,也不排除技术快速的发展,新的检测平台的出现,或者在原有检测平台上的进一步更新,导致现有的检测平台可能面临更新或淘汰。 

临床实验室需明确,基于高通量测序的 NIPT,只是一种筛查试验,而不是诊断试验,遗传咨询和进一步的检测非常重要。并且由于检测原理是基于外周血游离 DNA,因此具有一定的检测局限性,例如母体嵌合、胎盘嵌合、双胎、外周血胎儿游离 DNA 比例低等均会对结果产生影响。

总结:无创产前检测离规范使用又近了一步

不管怎样,卫计委发布室间质评,就已预示着这项技术成熟、临床应用急需的检测离规范使用又近了一步,而2014年率先通过室间质评的技术平台,例如上文提到的华大基因、达安基因、贝瑞和康、博奥生物等公司,无疑将在后续竞争中获得合作终端和客户更多的信任。

附:卫生部临床检验中心2015年全国外周血胎儿染色体非整倍体(T21、T18和T13)高通量测序检测室间质量评价通知

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