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Oxford Nanopore论文发表引发舌战

2014/09/11 来源:生物通
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导读
4月,MinION启动试用计划。到了9月,我们终于听到了一些真实的声音。有人认为,利用MinION开展大的测序项目是不可行的,MinION的实际应用很有限。也有人认为,MinION是一个突破性的技术,仍处于非常早期的阶段,就像第一部电话一样,有着高度可变的性能。


与前两年新一代测序仪的疯狂升级相比,这个夏天显得格外平静,唯一的大事件就是Oxford Nanopore的MinION试用计划。4月份,MinION陆续到达申请者的手中。之后,整个夏天便弥漫着测序结果的传闻,到了9月,我们终于听到了一些真实的声音。

一开始是伯明翰大学的Nick Loman在英国基因组科学大会(UKGS2014)上介绍了使用MinION的体会。近日,日本冲绳县工业技术中心(Okinawa Industrial Technology Center)的研究人员又在《Molecular Ecology Resources》上发表文章,介绍了对MinION测序仪的第一印象。

不过,他们的第一印象似乎不太好。研究人员利用MinION对λ噬菌体的基因组以及蛇毒腺转录组的扩增子进行了重测序。他们在摘要中提到:尽管MinION测序仪能够在一次运行中产生超过150 MB的原始数据,但最多四分之一的reads能定位到参考序列。大部分序列都包含插入/缺失的错误,或完全没有相似性。

他们认为,利用MinION来开展大的测序项目是不可行的。如果不增加准确性,MinION的实际应用似乎很有限。文库制备需要分子实验室,其复杂度和成本与其他的新一代测序平台相似。“MinION是迈向单分子测序的激动人心的一步,但它需要大幅度降低错误率,才能实现它的承诺。”

这似乎像一桶冷水,浇到了你的头上(当然,这可不是冰桶挑战),熄灭了我们对MinION的热情。然而,网络上迅速出现了不同的声音。Warp Drive Bio生物技术公司的首席科学家Keith Robison在他的博客中写道,评测是好事,但这个显然是很匆忙,且不成熟的。

首先,这篇文章并没有说明它所使用的化学试剂(chemistry)。据推测,它使用的是第一个版本的是试剂,但Oxford正在迅速更替平台的每一方面:文库制备、操作、流动槽和碱基检出。其次,对于结论部分提到的“准确性并没有随时间而改变”, Robison博士认为这被严重夸大。事实上,第二批流动槽的性能相对于第一批有明显改善。此外,日本的研究人员忽略了一点,文库制备对MinION平台上的序列质量有着更大的影响。

Robison博士认为,MinION无疑是一个突破性的技术,仍处于非常早期的阶段,就像第一部电话一样,有着高度可变的性能。因此看到一篇论文通篇都在说“不要买它”的时候,真是有点奇怪。

无论如何,纳米孔测序都是一种全新的技术,带给我们一个完全不同的测序平台。MinION的试用也不像之前的产品那样,仅针对Broad、Sanger、BGI等大型实验室,而是让每个感兴趣的人都有机会去使用。它大大降低了测序的门槛,至于性能如何,还需要更多数据来证明。

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