现场笔记 | 2019高通量测序技术交流会(华东站)
2019/08/07
没能参加2019高通量测序技术交流会(华东站)?这里有一份最详细的现场笔记!

8月1日,华大智造在苏州工业园区生物纳米科技园举办2019高通量测序技术交流会(华东站),携手锐翌生物、微基因、金唯智和10x Genomics为领域用户带来了一场精彩分享。

分享主题

探索生命的本源

• DNA纳米球测序技术:DNBSEQTM

• stLFR长片段技术

• PCR-free技术

揭示它蕴藏的未来

• 基于DNBSEQTM的肠道菌群与肝癌免疫治疗效果的关系研究

• 基于DNBSEQTM 的PCR free技术在个人基因组检测领域的应用

• 基于DNBSEQTM 的高通量测序服务与应用


分享精华

Talk1

聚焦:DNA纳米球测序技术和平台

华大智造应用技术支持总监 马涛


【主要观点】测序技术的成熟和测序平台的稳定运转,不仅需要自主可控的核心测序技术,也需要强有力的测序前建库技术和测序后生信技术的支持。基于核心的DNA纳米球测序技术(DNBSEQTM),华大智造在测序全流程中已部署了完整的技术流和技术创新解决方案,以高通量短读长也可以获得长达 300Kb 的长片段基因组信息,能够更加有效的检测出倒位、异位、删除等结构变异,同时大幅降低了长片段文库构建的复杂程度和成本,全面引领高精度基因组标准(Contig N50>106,Scaffold N50>107,组装全基因组数据>6G)。

Talk2

前沿:基于DNBSEQTM的肠道菌群与肝癌免疫治疗效果的关系研究

上海锐翌生物科技有限公司技术负责人 王婷婷


【主要观点】基于宏基因组测序技术的人体微生物组研究,有望成为打开疾病机制研究的新钥匙。2017年,锐翌生物在国内率先引入华大智造的DNBSEQ技术平台及其技术流程用于微生物组与宿主健康相关的研究;2018年基于该平台开展了肝癌患者免疫治疗过程中的肠道菌群动态测序分析,并于近日在《Journal for ImmunoTherapy of Cancer》发表题为《Gut microbiome affects the response to anti-PD-1 immunotherapy in patients with hepatocellular carcinoma》(肠道菌群显著影响肝细胞癌患者对抗PD-1治疗的响应程度)的研究成果,这也是目前国内首次关于肝癌免疫治疗效果与肠道菌群关系的创新成果。该研究通过粪便样本的宏基因组测序(测序策略:BGISEQ-500,PE100),提示了菌群可能作为一种预测免疫疗法效果的生物标记物,具有一定的早期诊断价值,而相关菌种和代谢途径的研究进一步发现了细菌可能参与的有益代谢途径,提示了肠道菌群参与免疫调节、优化治疗效果的潜在机制,可能为未来肝癌的治疗提供调控策略。

Talk3

探索:基于DNBSEQTM 的PCR free技术在个人基因组检测领域的应用

深圳韦格纳医学检验实验室总经理 胡振飞


【主要观点】随着高通量测序技术的日益成熟、测序成本的日益下降,高质量的个人基因组检测让每个人都能受益于了解自己的遗传信息,并在无形之中推动了群体基因组学的发展,为精准医疗构建大规模的基因组数据奠定了夯实的基础。韦格纳医学检验实验室之所以选择DNBSEQ技术平台作为个人基因组检测产品的交付平台,除了考虑到平台的稳定性和经济性之外,更看重数据的交付质量和技术的先进性。基于DNBSEQTM 的PCR free技术在操作流程上更简化(省掉了PCR扩增和PCR产物纯化两个步骤,支持无缝切换至自动化系统),在数据交付上更高效(Dup率在2%左右,基因组覆盖度更均一)。

Talk4

创新:基于DNBSEQTM 技术平台的自动化解决方案

华大智造自动化产品线销售负责人 左辉


【主要观点】以DNBSEQ技术平台为核心,华大智造向上延展、量身打造了“最懂测序”的自动化解决方案,包括高度自动化的MGISP-100(16个样本/run)和高度定制化的MGISP-960(96个样本/run),以及模块化的工作站(支持深度定制)等。以KAPA Biosystems产品在MGISP-100上的运行结果显示(全程仅需1人值守):常规手工建库时间1.5个工作日,而自动化建库总时间7小时(其中手动时间仅需1小时);40个不同类型样本(血浆、组织、FFPE)同时建库,均一性及片段大小良好(事实上,该流程满足16-88个样品灵活建库);PCR程序外置,可以满足不同PCR循环数目要求等。基于DNBSEQTM 技术平台的自动化解决方案在为测序用户节约时间的同时,缓解了交付压力,以提升通量、节省人工、提高文库制备稳定性为目标,兼顾了质量、成本和效率之间的均衡。

Talk5

实践:基于MGISEQ-2000的高通量测序服务与应用

苏州金唯智NGS高级产品经理 徐琳


【主要观点】作为在基因组领域保持快速增长和领先行业的杰出企业之一,金唯智于日前正式引进华大智造生产的DNBSEQ技术平台并进行了一系列的内测数据评估,包括PE150+WGS/WES/RNA,评估结果超出预期:与Illumina公司的Hiseq平台相比,华大智造的MGISEQ-2000无论是测序质量还是Mapping质量都保持了高质量的产出,产出数据稳定性好;Duplication rate低,减少了数据浪费,在InDel、CNV等方面突变检测更加精准,项目交付表现不俗。值得一提的是,MGISEQ-2000还可以检测到更多已知变异数据集的数据,这意味着MGISEQ-2000数据包含了更多可靠的变异相关信息;外显子覆盖也更全面:在相近数据量下,MGISEQ-2000可以覆盖更多的外显子区域。最重要的是,在行业内普遍存在的read2质量低于read1的问题,在DNBSEQ技术平台可以得到很好的控制:基于MGISEQ-2000平台的PE150 WES数据结果显示,read2与read1质量基本一致,甚至更为均匀。这是由于技术原理层面的优势,read2在read1的基础上信号得到了放大。

Talk6

融合:Biology at True Resolution: Resolving Complex Biology with 10x Genomics

10x Genomics高级应用科学家 胡超博


【主要观点】随着科技的不断发展,从单细胞层面解码生命的奥妙是科学家们共同的追求。10x Genomics为复杂生物学问题提供了真正的解决方案。通过10x Genomics的仪器和试剂,我们可以将生物样本中数万个细胞进行分离,并包裹成单个液滴。再经过独特的化学过程和专有的标记方法,可以从单个细胞中捕获DNA、RNA、蛋白质和免疫相关信息。最后,通过生物信息学分析进行细胞聚类和差异基因分析等,阐述其分子发生机制。目前,10x Genomics 单细胞转录组产品广泛应用于肿瘤异质性、干细胞发育及分化、神经系统发育、胚胎细胞发育、脑发育、免疫方向、疾病分型等研究方向。

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