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纳米孔测序:尚不成熟的技术

2014/09/15 来源:贺建奎/科学网博客
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导读
尽管纳米孔测序的测序长度长,但是笔者通过试验发现是纳米孔测序的错误率高达35%。这意味着基因突变检测成为纳米孔测序的禁区,也成为纳米孔测序的致命弱点。因此笔者认为纳米孔测序尚不成熟。


纳米孔测序,是国际上最受人关注的第三代测序技术之一。其创新的电信号检测和单分子长链测序,让全世界的科研工作者翘首以待。做为纳米孔技术的领跑者,英国牛津纳米孔公司今年在全球选择了几家著名的实验室,测试他们的样机。我的两个朋友,一个在美国新墨西哥大学,一个在University of Queenland,分别测试了牛津纳米孔ONT。结论是:纳米孔测序尚不成熟。

测序长度长

纳米孔测序的测序最长可达到89kb,令人感到恐怖。也就是说,纳米孔测序可以一次读长就可以覆盖大部分的病毒基因组了。对于很多小基因组,连组装都省去了。纳米孔的平均读长可达4.3kb。毫无疑问这是迄今为止,所有测序仪中测序最长的。

测序错误率超高

35%,对,这就是纳米孔测序的错误率。我刚开始看到这个数字的时候,还以为看错了。但确实,平均10个碱基,就有3.5个测序错误。其中3%的插入错误,16%的删除错误,16%的错配。高达35%的错误率,意味着基因突变检测成为纳米孔测序的禁区,也成为纳米孔测序的致命弱点。

当前的纳米孔测序未来有可能在哪些领域有优势呢?

1,在细菌和病毒等病原体检测方面,纳米孔测序可以无需组装就可以得到全基因组。

2,利用长度长的优势,和二代测序结合,协助组装基因组。

最后,我画了一张图,来比较目前的三个第三代测序技术。

很明显,测序最准确的是Helicos平台,测序最长的是Nanopore。三代测序要成为一个成熟的,可以在临床广泛使用的技术,还需要数年的优化和提高。

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