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NIH出资$3.13亿用于疾病基因组测序研究

2016/01/25 来源:测序中国
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导读
除了2011年开启的罕见病基因组测序计划,NIH近日又启动了常见病基因组测序计划,并提供了为期四年、高达3.13亿美元的资助。


美国国立卫生研究院(NIH)将资助一些基因组测序分析中心,致力于破解人类常见病和罕见病的基因信息。NIH下属的国家人类基因组研究所(NHGRI)14日宣布成立“常见疾病基因组学中心(CCDG)”,该中心将利用基因组测序技术,从基因水平研究心脏病、糖尿病、中风以及自闭症等常见疾病产生的原因。NHGRI同时也宣布了其互补项目“孟德尔基因组学中心(CMG)”的下一阶段工作,将继续研究罕见遗传疾病(例如囊性纤维化和肌肉萎缩症)的基因致病机制。

NHGRI所长Green博士表示:“DNA测序的发展可帮助我们进一步探索人类疾病产生过程中基因是如何发挥作用的。我们将持续关注常见疾病和罕见疾病,希望能够揭示一些重要的基因信息。”

CCDG的研究人员计划先对一组疾病、15万~20万个患者进行基因组测序,在基因组水平研究常见疾病产生的原因,及基因组的差异是如何影响患病风险的,同时也将开发出一套研究模型用于今后常见疾病的研究。CMG研究者将建立一个国际研究合作网络,对世界范围内存在的罕见疾病进行基因组测序。这两个项目通过研究引发疾病的基因以及基因组变异,有助于对疾病的诊断和潜在治疗。

NHGRI将在未来四年内分别资助CCDG和CMG项目2.4亿美元和4千万美元,同时出资约400万美元资助一个新的协调中心,促进这些项目者之间的合作、数据的分析和项目的推广。

除此之外,美国国家心脏、肺和血液学研究所(NHLBI)将同时资助CCDG和CMG项目,美国国家眼科研究所(NEI)将为CMG项目提供资助,这两个机构同属于NIH。

CCDG项目的开展代表着NHGRI的基因组测序计划(GSP)又向前迈出了一大步。最早期阶段,GSP是NIH对人类基因组计划的重要贡献。随着DNA测序成本的降低,GSP开始将重心转移到大规模基因组测序项目上,并组织成立 了“大规模基因组测序和分析中心”。这些测序中心进行了一系列开创性的基因组学研究,包括千人基因组计划,对世界各地不同人群中数千人进行基因组测序,记录不同个体的基因组差异性;和癌症基因组图谱(TCGA)计划,由NHGRI和美国国家癌症研究所合作,记录癌症相关的基因组变异信息。

常见疾病基因组学中心(CCDG)

高血压、糖尿病以及精神疾病等常见疾病影响世界范围内数亿的人群,然而到目前为止我们都无法解释这些疾病产生的根源,因为它们的发生往往源自基因和环境因素的双重作用。

CCGD研究人员将首先关注心血管/代谢疾病以及神经精神性疾病,同时考虑研究其他疾病包括炎症/自身免疫病、骨骼疾病,阿兹海默症等。每一种常见疾病都代表着一系列的健康问题,从发病年龄到潜在的生物学改变都各不相同。对于每一种疾病,CCDG研究人员都将对数万个患者及正常对照人群进行基因组测序,NHGRI也将挑选一些其他疾病用于该中心后续的研究。

NHGRI基因组测序计划负责人Felsenfeld博士说:“该中心的研究人员计划利用基因测序,尽可能广泛地检测出与常见疾病相关的基因和基因组变异。这些基因信息将在我们的临床管理中起到非常大的作用。”

NHGRI将在未来四年中为四个中心提供约2.4亿美金,NHLBI则额外提供2000万美金,具体资助情况如下:

1. 圣路易斯华盛顿大学;6000万美元,4年

主要研究人员:Richard Wilson, Ph.D.

2. 麻省理工学院-哈佛大学博德研究所;8000万美元,4年

主要研究人员:Eric Lander, Ph.D., Mark Daly, Ph.D., Stacey Gabriel, Ph.D.和Sekar Kathiresan, M.D.

3. 休斯顿贝勒医学院;6000万美元,4年

主要研究人员:Richard Gibbs, Ph.D.

4. 纽约基因组中心;4000万美元,4年

主要研究人员:Robert Darnell, M.D., Ph.D.

孟德尔基因组学中心(CMG)

NHGRI自2011年启动了CMG计划,总体目标是从基因组学角度系统地分析孟德尔遗传病产生的原因,这类疾病通常是由单基因突变引发的罕见疾病。到目前为止,已经发现了7400多种孟德尔疾病,并阐明了其中4300种疾病的潜在致病基因变异信息。

在过去的四年中,CMG研究人员对超过2万个人的蛋白编码区进行测序分析,发现超过740种致病基因,同时开发出一种分析工具可快速查找这些致病基因。

CMG计划负责人Wang博士介绍说:“罕见疾病为我们进行罕见和常见疾病的生物学研究提供了重要资源。CMG研究人员将继续利用基因测序和分析寻找孟德尔疾病产生的致病基因,尤其是发现新的致病基因。”

NHGRI将资助4000万美元支持CMG计划,同时NHLBI和NEL也将分别资助800万美元和100万美元用于该计划实施。具体资助情况如下:

1. 麻省理工学院-哈佛大学博德研究所;1340万美元,4年

主要研究人员:Daniel MacArthur, Ph.D.和Heidi Rehm, Ph.D.

2. 耶鲁大学;1200万美元,4年

主要研究人员:Richard Lifton, M.D., Ph.D., Murat Gunel, M.D., Shrikant Mane, Ph.D.和MarkGerstein, Ph.D.

3. 西雅图华盛顿大学和休斯顿贝勒医学院,1200万美元,4年

主要研究人员:Deborah Nickerson, Ph.D. (华盛顿大学), Michael Bamshad, M.D. (华盛顿大学) and Suzanne Leal, Ph.D. (贝勒医学院)

4. 约翰霍普金斯大学和贝勒医学院,1160万美元,4年

主要研究人员:David Valle, M.D. (约翰霍普金斯大学) 和 JamesLupski, M.D., Ph.D. (贝勒医学院)

GSP协调中心

GSP协调中心将促进项目者间的合作并进行项目推广活动,提升测序数据的利用率,并引导进行各种不同的数据分析工作。

NHGRI将提供以下资助:

1. 美国罗格斯大学;400万,4年;

主要人员:Tara Matise, Ph.D.和Steven Buyske, Ph.D.

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