掌上测序仪公司Oxford Nanopore 登榜2019《麻省理工科技评论》50家聪明公司
2019/07/03
在生物科技公司中,研发掌上测序仪MinION的英国公司Oxford Nanopore Technologies因其颠覆式的实时DNA/RNA纳米孔测序技术而被选中上榜。

在《麻省理工科技评论》中文版正式揭晓的2019年“50家聪明的公司”(TR50)榜单中,中国企业华为、腾讯和百度均列在榜单中。在生物科技公司中,研发掌上测序仪MinION的英国公司Oxford Nanopore Technologies因其颠覆式的实时DNA/RNA纳米孔测序技术而被选中上榜。纳米孔测序基于电子学原理,该技术的规模能够从微型扩展到大型高通量设备,因此能够带来新的用户,打开新的应用。Oxford Nanopore的目标是能使任何人在任何地点进行遗传学分析。


“我们对Oxford Nanopore在中国被评选为50家聪明公司之一感到非常高兴”,首席执行官Gordon Sanghera博士表示,“我们认为这项认可真正应该归属于纳米孔社区,属于那些开发了新的应用的纳米孔测序用户,无论是大规模人类基因组学、临床研究和癌症研究,还是液体活检方法、转录组学和植物科学等等,纳米孔测序用户正在进行的是真正‘聪明’的研究。我们感谢纳米孔社区每一个人的支持,也希望在我们共同迈向的令人兴奋的未来中向你们报以持续不断的支持。“

作为世界领先的出版物,传统上《麻省理工科技评论》发布的50家公司名单突出的是那些“将真正的创新技术与成功有效的商业模式相结合”的公司。榜单同时专注于具有重大突破、对世界具有积极的社会影响,并且具有社会责任感的公司。

Oxford Nanopore于2018年正式进入中国市场,为中国的用户提供纳米孔测序技术。公司已经建立了本地的技术支持和销售团队,并为不同需求开通直接购买和代理商购买渠道。纳米孔测序的应用已经在中国产生了一系列积极影响,例子包括在北京的食品产业中使用的食品安全方法,在香港的污水中进行耐药基因标志物的监测,北京希望组开展的人群规模测序探索对疾病相关遗传变异的见解,南方科技大学在海拔4000米的祁连山进行冻土微生物群调研以理解气候环境变化,协助中国疾控中心与塞拉利昂合作援助卫生系统进行的疫情监测等等。


客户运营副总裁康睿驰(Richard Compton)本周在中国接受了《麻省理工科技评论》50家聪明公司的提名。

1. 过去1年(2018年~2019年Q1)公司技术/科技应用上最大创新进展或突破或成就为何?此处所指的进展、突破、成就足以影响公司价值或未来发展方向的重要里程碑。

我们的目标是使任何人在任何地方都能够对任何生物进行分析,获得有意义的信息。正因为我们的目标是颠覆测序技术的可用性,我们提供了一系列适用于任何需求的产品,不论是从大规模的人口项目测序,还是小型的按需和快速测试;无论是在实验室,还是在现场。为打破DNA测序中的障碍,我们专注于产品的易用性,提供简单快速的样本制备解决方案。

在2019年,我们推出了最大规格的纳米孔测序设备PromethION P24-48。它在提供Tb级别基因组数据的同时,无需付出对设备本身的资本投入。这意味着我们能够为所有核心实验室和服务提供商、需要对人类或植物等较大基因组进行测序的研究人员、以及人口规模的测序项目提供适合的选项,使低成本的大型纳米孔基因组可能并且可得。

使用相同的核心纳米孔技术,我们推出了MinION Mk1C——它是一个一体化的便携式联网设备,将MinION的实时、快速、便携式测序与强大的用于数据处理的GPU相结合,配以高分辨率的屏幕。它可与Flongle一起使用,Flongle是一种紧凑型、适用于小型按需测试的设备,支持在任何环境中以低成本快速获得深刻的生物学见解。MinION Mk1C和Flongle开辟了在广泛的地点开展一系列应用的可能性,从科学实验室到农场和工厂,从医疗环境到户外,或是在课堂中。

除了能够提供覆盖广泛的基因组,以及高价值的基因组组装来探究那些“隐藏的”疾病相关基因外,我们还针对那些测序准确度起到关键因素的研究开发了一种新型纳米孔——R10。通过结合软件算法和化学试剂的持续改进,来实现将纳米孔序列数据提高到最高的准确度。

我们希望研究人员能够更轻松地在任何地点进行实验,作为这个过程的一部分,在2018年,我们发布了包括VolTRAX在内的配件。VolTRAX是一种可实现快速样品制备的小型自动化设备,我们也发布了可配备MinION / Flongle使用、仅有口袋大小的强大分析配件MinIT。

在2019年初,我们发布了“野外测序试剂盒”,它无需冷链运输,只需十分钟即可完成简单的准备工作。这些能够让遗传分析得以在偏远的地区进行,使测序技术能够在专业的实验室环境之外使用。目前,中国疾控中心的专家正在塞拉利昂支持其卫生部提升传染病监测与防控的能力。利用MinION和野外测序试剂盒,在条件有限的情况下,在塞拉利昂本土实验室获得了第一个重要肠道致病菌——伤寒的完整基因组序列。

2. 以当前公司所在产业/领域/技术方向/应用市场,公司过去1年所取得的里程碑突破/进展对总体环境(产业/领域/技术方向/应用市场)造成了什么样的影响?或者具有什么样的重要性?

从2018年到今年目前为止,纳米孔社区已经涌现出了许多突破性科学的例子,涉及一系列生物学研究应用。这些包括大规模人类基因组学、癌症研究和液体活检方法、理解人类生物学的转录组研究、环境研究,以及超越这些以外的在食品安全、农业、疾病爆发监测领域的应用。

2019年5月,中国领先的基因组测序服务提供商北京希望组(GrandOmics)宣布推出大规模人类基因组计划dbSV100k。该项目将于2021年底提供10万个高质量、且价格合理的人类基因组。该目标基于他们在短时间内通过纳米孔PromethION系统所获得的大量数据,项目旨在了解与人类健康和疾病相关的遗传变异的影响,以期最终提供临床基因诊断服务。另一家测序服务提供商诺禾致源(Novogene)也宣布利用Oxford Nanopore的测序技术启动“癌症基因组计划”,研究相关的疾病遗传变异,为其客户提供具有成本效益的基因组见解。

纳米孔测序已经被整合到食品供应链中来快速了解病原体是否存在。Clear Labs(美国)开发了一种全机械自动化的“样品到答案”解决方案,可以在24小时内进行高通量的病原体检测。这使行业能够尽早采取行动进行精确干预,获得更好的结果,避免对消费者造成伤害甚至对行业造成干扰。在中国,Mars(玛氏)全球食品安全中心最近提出了使用Oxford Nanopore对食品供应链进行实时监控的可行性方法,在一天内完成对沙门氏菌血清型的预测。

Oxford Nanopore提供唯一的便携式DNA测序技术,因此具有接近样品源使用的独特定位。这对于公共卫生疾病爆发、或着需要非集中的分布式答案的其它应用来说是非常理想的。

2018年,公共卫生小组将MinION部署用于对疾病暴发进行实时的基因组监测,包括狂犬病、拉萨热、黄热病、流感、登革热、疟疾、大肠杆菌、多重抗药金黄色葡萄球菌(MRSA)等。例如,根据从野外实时MinION测序中获得的基因组信息和见解,一个研究小组发现在尼日利亚发生的意外激增的拉萨瑟感染数量是源于一种已有的毒株而非新的变异,该结果被用于告知公众健康部门进行应对。Flongle和MinION Mk1C的发布将进一步增强科学家获得快速、有意义的遗传信息的能力,不仅是在实验室环境中,还有在医疗卫生、农业、食品和水监测和教育领域。

专注于易用性,MinIT和MinION已经使得研究人员能够在坦桑尼亚的一个小农场中鉴定影响木薯植物的病原体,从准备样品到获得答案仅用三小时。这对于能够摧毁全球8亿人所依赖的作物的病毒爆发非常重要,它为科学家和农民提供了对抗植物病原体来提高作物生产力的基本信息。

研究人员还使用MinIT便携式分析仪在白令海上的阿拉斯加海洋研究船上,在8级风暴中分析了海洋微生物组。对于寻求了解海洋生物多样性以及气候变化如何影响海洋中的微生物的环境科学家来说,获得实时的深入见解十分有用。

3. 根据麻省理工科技评论DeepTech对 “新兴科技”的定义:未来3到5年内可大规模商用化的科学与技术,贵公司如何看待未来中国新兴科技发展与趋势?

作为一家总部位于英国的公司, 我们对中国在技术创新和技术采用新浪潮中所扮演的角色感到特别兴奋。凭借快速的发展、训练有素的技能,以及快速接纳新技术的文化,我们相信中国市场可以超越传统技术,并且为消费者、医疗卫生专业人士和工业人士带来实质性的益处。我们很高兴与中国的同事合作,为社会多个方面带来长期而积极的影响。

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