赛默飞公司发布基于标签测序的液体活检检测
测序中国 · 2016/07/25
赛默飞公司发布了一款仅限于研究使用的液体活检检测产品——Oncomine Lung cfDNA Assay,该产品基于标签测序技术开发,在Thermo的Ion S5系统上运行,但并不使用AmpliSeq试剂进行靶向扩增。


Thermo Fisher Scientific(赛默飞)公司发布了一款仅限于研究使用的液体活检检测产品——Oncomine Lung cfDNA Assay,该产品基于标签测序(tag sequencing)技术开发,在Thermo的Ion S5系统上运行,但并不使用AmpliSeq试剂进行靶向扩增。新方法依赖于分子标记和一个两步扩增过程,以确保检测极限达到0.1%。

该款液体活检检测的特征

该检测分析了与肺癌相关的11个基因中的150个热点SNVs和indels,需要用Ion Chef样本制备仪器和S5测序仪运行,从DNA提取到出结果的工作周期为3天。使用Ion 530 chip,可同时检测8个样本。

在内部验证研究中,Thermo Fisher证明,对于等位基因频率为0.1%或更高的变异,该检测的平均灵敏度和特异性分别为90%和98%。而对于等位基因频率为0.5%或更高的变异,该检测的平均灵敏度和特异性分别为100%和98%。

Thermo Fisher公司的产品管理主管Asia Chang说,Thermo公司的专利——标签测序技术和分析软件是能够检测到低频变异的关键。像AmpliSeq一样,标签测序依赖于创建扩增子,但是分子标签是在扩增前加入。然后,分析软件将带有相同标签的分子分为一组,这样能够确保变异筛查是准确的。由于是专利技术,Chang拒绝透露更多关于标签测序过程的细节。

Oncomine Lung cfDNA Assay是针对肺癌的检测,公司目前还没有计划让该检测通过监管部门的批准。Chang还表示,到今年年底,公司还将推出针对乳腺癌和结肠癌的检测。

不同于Guardant Health和Foundation Medicine等公司提供的液体活检检测是一种服务,Thermo公司的液体活检检测将服务于一个不同的市场,他们出售的是RUO试剂盒。

该检测也不同于西奈山的研究人员在三阴性乳腺癌的临床试验中使用的检测。西奈山研究人员计划招募53名患者,分析循环肿瘤DNA、循环肿瘤细胞以及生殖细胞DNA。他们使用的是Thermo公司的AmpliSeq Hotspot panel和 Oncomine panels,分别在Ion Torrent PGM和S5测序仪上运行,同时使用Cynvenio公司的LiquidBiopsy平台来分离CTCs和ctDNA。

Thermo和Cynvenio公司针对LiquidBiopsy平台签订了一个经销协议,使LiquidBiopsy平台结合Ion Chef样本制备仪器、Ion PGM和AmpliSeq Cancer HotspotPanel使用。

Chang表示,虽然新的检测和Cynvenio的LiquidBiopsy平台兼容,但这并不属于经销协议的一部分。该检测与LiquidBiopsy平台互补,LiquidBiopsy平台可分离CTCs和ctDNA,新检测则专门针对ctDNA的分析设计。对于Oncomine Lung cfDNA Assay,标准的ctDNA分离技术是MagMAX cfDNA分离试剂盒。

对该款检测进行回顾性验证研究

葡萄牙波尔图大学分子病理学和免疫学研究所(IPATIMUP)的研究人员正在对该检测进行一项回顾性验证研究。他们花费了两年时间收集150名肺癌患者的血液样品,在诊断时、治疗过程中,甚至复发时采集了每名患者的多份样品。

负责这项研究的José Luis Costa说,“我们想看看是否能将Oncomine Lung cfDNA assay应用到临床中。”目前该检测仅限于研究使用,因此没有对病人的治疗或管理产生影响。到目前为止这个检测看起来效果很好。研究小组特意使用530 chip在S5测序仪上一轮运行了8个样本。他们周一提取DNA,周三出结果,整个过程非常快。该检测的一个优势是包括了分析,极大地加速了获取结果的过程。

Costa说,标签测序使用的新试剂也有助于检测低等位基因频率(低至0.14%)的突变。新试剂可确保分子被计数,并降低了假阳性率,但他并不清楚这些试剂的所有细节。

他们计划尽快在一份同行评审的期刊上发表这些结果,随后他们将进行一项针对该检测的前瞻性试验。一旦完成了回顾性和前瞻性验证研究,Costa还有兴趣将该检测应用到患者治疗过程中进行监测。

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