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华大基因BGI Online beta正式上线,携手阿里云开启DT时代

2016/02/24 来源:生物探索
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导读
近日,全球最大的基因组学研发机构华大基因宣布其在阿里云计算平台部署的服务产品BGIOnline一期版本正式上线。


没有几个经济领域的成本只有十年前的百万分之一。然而,生物医疗研究就是其中之一。十年前,当科学家首次成功测序人类基因组时,这一神奇过程的花费为每人大约30亿美元。然而如今这一开销猛跌至只需1000美元,未来甚至会更低。

大大降低的成本有一个重大意义:对于科学家来说,比较成千上万的人的基因序列,从而定位包括癌症在内的各种疾病的基因片段,如今已成为可能。但随着生命科学领域数据爆炸式的增长,如何及时获取、快速分析、储存这些庞大的数据是研究者们当前急需解决的问题。


对这个问题有没有解决方案呢?在这一基因革命的征途上,因为DT技术的出现,让这道难题迎刃而解。云计算的优势在于能够通过分布式计算对大数据进行处理,从而极大提升运算效率以及降低成本。近日,全球最大的基因组学研发机构华大基因宣布其在阿里云计算平台部署的服务产品BGIOnline一期版本正式上线。

BGIOnline一期版本的正式上线,是基因革命史上迈出的坚实的一小步。依托阿里云的弹性存储和计算优势,BGIOnline不但可以满足医学研究、疾病筛查及临床医疗等不同应用场景、模式对数据处理、存储和传输的需求,还可以通过采用一系列先进的数据技术,满足HIPAA法案等行业安全条例的要求。在确保高度敏感基因数据的安全性同时,BGIOnline能使医生和研究者们能够在数据层面真正互通有无、便于分享。

这个消息或令基因领域的研究者感到兴奋。如果这个进度加快的话,它将带来基因行业一些引人入胜的影响。这意味着中国在整个基因测序领域的产业链补齐了短板,整个生态系统得已更加繁荣。

科学研究者一直是测序的重要使用群体,由于测序成本的持续降低及更多的测序服务供应商选择,可以预见的是测序数据的产量与规模大幅度提升。而这部分数据是必然需要分析的,在没有大规模数据分析平台之前,分析的效率受限于本地服务器的规模,数据量越大,分析的时间也越久。而测序的云计算平台将有望突破这个瓶颈,100个样本,1000个样本,分析的时间都仅跟1个样本的分析时间类似,这将极大降低用户的时间成本。

无疑,原生于AWS的华大基因BGI Online平台此次平滑地迁移至阿里云上,可以大大提升中国的研究机构和基因行业内用户在基因科研领域的效率、在幅降低研究成本、缩短研究时间。

这个事件的深远意义很有可能仍被人们低估了,它或许会是中国生命科学企业拥抱DT时代的里程碑事件,引领行业的浪潮。随着中国公有云技术和市场的不断发展,我们可以预期越来越多的运行在国外公有云环境上的应用和SaaS化服务将逐渐迁移至国内公有云环境上,通过实施BGI Online 平台迁移项目所形成的技术沉淀和技术资料的积累,将在未来的类似的复杂平台和应用的迁移过程中发挥重要的指导作用。

以临床应用领域为例,在传统的诊疗模式下,临床医生需要各种检查数据以及查体来对病人进行诊断。一旦分子层面的检测在临床进行开展,云计算平台可以通过对同一种疾病临床数据及分子检测数据的收集和快速分析,对特定的病人给出相应的辅助诊断参考,甚至给予相应的用药方案。临床医生在合理应用的情况下,整个诊断的过程将会变得更快速以及更准确。

一直以来,24小时完成一个人全基因组测序和分析的梦想是生物科学家们的梦想。随着BGIOnline 平台的出现,中国人距离这个梦想又近了一步。目前基因市场上已经有不少针对个人健康的检测业务了,检测方法包括个人全基因组测序、定制化基因芯片等等。而这些数据的分析与解读也会随着检测成本的下降变得越来越普遍。当每个人都会去做这样的检测时,云计算平台将有望对这部分数据的快速解读提供可行的解决方案。个人用户将更快速地获取自己的结果报告。

生物信息云计算平台之所以具有如此强大功能,很大程度上得益于云计算的发展。中国云计算厂商的突飞猛进令人咂舌。阿里云方面介绍,阿里云此次为华大基因提供了全线的云服务产品,并且针对BGIOnline平台特点提供了强有力的技术支持和运维保障。BGIOnline平台通过阿里云提供的混合云部署模式很好的解决了华大内部客户高速低延时的数据传输需求。通过阿里云节点提供的多线BGP接入,满足了全球客户高速访问的需求。同时,低成本的数据存储、弹性数据分析计算平台都很好地解决了华大基因的业务需求。

中国最大基因企业拥抱本土最大云计算厂商,这个合作本身就令人玩味。华大基因BGIOnline平台的成功迁移,另一个重要的意义在于,这说明中国的云计算厂商阿里云在生命科学领域的产品支持已经达到世界领先水平。因为基因行业数据的敏感性和特殊,基因行业客户上云一定会考虑本土云提供商,从云产品的丰富程度和云平台的稳定上线运营时间,阿里云遥遥领先竞争对手。

对于中国来说,这正是科学的意义所在:必须将数据安全牢牢掌握在国内企业手中,防止数据丢失造成的一系列严重后果。尽管美国在一些领域还保持着优势,但是中国优秀企业的结合正在让这种优势变得所剩不多。

中国基因测序云计算平台的诞生,将带给基因行业哪些变革和进步?对这个问题,虽然我们在尽情想象,但估计即使今天最有远见的科学家,也难以估量其可能带来的巨大价值。或许,只有时间,才能给出我们最好的答案。

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