华大科技生物信息培训班RNA分析专题(山东 · 泰安)

华大科技生物信息培训班RNA分析专题(山东 · 泰安)

2014/06/23-2014/06/26
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活动简介

活动内容

华大科技

人类基因组计划完成后生物科学进入了人类后基因组时代,即大规模开展基因组生物学功能研究和应用研究的时代。基因组、转录组水平的遗传数据得以迅速积累和利用,在生物、医学、农业和工业领域得到越发重要的应用。例如为一些疾病提供新的诊断、治疗方法;为农业重要物种提供新的育种、改良方法……

本课程将从围绕RNA分析为您介绍最前沿的生物信息研究方法、实验技术原理、数据分析软件、作图软件等,为您解析近年来发表的经典文献,在科研道路上竭力为您提供更多思路与策略!

主办单位:深圳华大基因科技服务有限公司

举办地点:中国 山东 泰安 山东农业大学

举办时间:2014年6月23日-6月26日

课程内容

RNA分析专题培训班课程表
时间课题
6月23日9:00-12:001、RNA研究进展介绍
  1.1 成熟的分析方法
  1.2 近年的热门研究课题
  1.3 面临的问题和挑战
14:00-18:002、RNA定量分析(RNA-Seq)
  2.1 定量分析的方法
  2.2 筛选差异表达基因
  2.3 功能富集分析
  2.4 应用案例
3、上机实践
  3.1 聚类分析(cluster、Genesis);基于DAVID进行GO功能分析;KO注释和pathway注释软件KOBAS 2.0等
6月24日9:00-12:004、转录组学分析——没有参考序列(de novo)
  4.1 详细介绍转录组组装(Trinity)
  4.2 unigene功能注释、GO分类、代谢通路分析等
  4.3 应用案例
14:00-18:005、上机实践
  5.1  linux系统基本操作;组装软件Trinity;比对软件Blast/Blast2GO等
6月25日9:00-12:006、转录组学分析——有参考序列(ref)
  6.1 定量分析
  6.2 结构变异检测(AS、SNP、fusion等)
  6.3 应用案例
14:00-18:007、上机实践
  7.1 序列比对软件BWA;SNP 分析软件SOAPsnp;可变剪切位分析软件TopHat/SOAPsplice;融合基因分析软件SOAPfuse等
6月26日9:00-12:008、非编码RNA研究
  8.1 Small RNA分析
    A) 几种主要的sRNA生源概述
    B) miRNA鉴定及表达谱构建(基于mirbase数据)
    C) miRNA表达模式分析(差异分析和聚类分析)
    D) 其他种类ncRNA的鉴定
    E) novelmiRNA预测方法原理
    F) miRNA靶基因预测
    G) lncRNA研究进展,分析思路
14:00-18:00  8.2miRNA综合研究思路
    A) miRNA靶基因与降解组研究
    B) miRNA表达与mRNA表达联合分析
    C) miRNA研究与lncRNA研究
9、上机实践
  9.1 介绍miRNA预测软件Mireap、靶基因预测软件psRNATarget等
10、RNA经典案例解析(贯穿分析、项目设计等)

讲师团队

RNA专题——首席讲师: 韩祖晶

华大科技生物医药信息分析部负责人,mRNA分析团队首席信息分析工程师。致力于RNA信息分析技术研发,负责和参与多个重大RNA项目设计与信息分析。2011年主导“基因表达的RNA测序质控方法及装置”专利申请并通过认证。

培训授课经验丰富,在华大历届RNA专题培训班中受到学员的高度评价。

转录组学——讲师:陈超

华大基因高级生物信息工程师,从事生物信息分析工作5年,主要工作内容为转录组和基因组相关研究,期间负责并参与大量转录组、全外显子组和全基因组项目的信息分析工作。曾参与前列腺癌转录组研究、鸭基因组&转录组研究、四倍体拟南芥转录组研究、雪貂转录组等项目,并主导华大lncRNA-seq产品和DGE产品的研发升级工作。有丰富的生物信息分析经验和项目实战经验。

主要文章:

1. Leon,...,Chao Chen,...Kelvin.Sequencing, Annotation, and Characterization of the Influenza Ferret Infectome.J. Virol 2013,87:1957-1966.

2. Shancheng Ren , ..., Chao Chen ..., Yinghao Sun. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions,cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings. Cell Res 2012,22:806–821.

3. Liu xinxing,Chen Chao.De novo assembly of allotetraploid arabidopsis suecica transcriptome using short reads for gene discovery and marker identification. China Biotechnology, 2011,31:45-53.

small RNA--讲师:刘宇峰

华大基因高级项目经理,从事生物信息分析工作5年,主要工作内容为全转录组和免疫组相关研究,期间负责并参与大量转录组、small RNA、降解组、免疫组的信息分析工作,如黄鳝基因组、蚂蚁基因组、黄瓜基因组的miRNA部分。另外参与了30余种miRNA的分析工作,如人、大鼠、小鼠、果蝇、蜜蜂、拟南芥、水稻、玉米、葡萄、三七、田黄等。期间负责华大SmallRNA-seq产品、降解组以及免疫组库产品的研发升级工作。有丰富的生物信息分析经验和项目实战经验。

报名方式马上报名

电子邮箱:c-training@service.genomics.cn

电话: 0755-25273808 何老师(咨询时间:周一至周五9:00-18:00)

联系方式

华大科技

咨询热线:400-706-6615

邮箱:info@bgitechsolutions.com

网站:www.bgitechsolutions.cn

微博:e.weibo.com/bgitech

地址:深圳市盐田区北山工业区综合楼(518083)

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